Trumna z ciałem Jana Pawła II złożona do grobu
Trumnę z ciałem Jana Pawła II złożono po południu w krypcie Bazyliki Św. Piotra, w której do 2000 r. znajdował się grobowiec Jana XXIII, przeniesiony po jego beatyfikacji do bazyliki. Zgodnie z ostatnią wolą wyrażoną w testamencie, Jan Paweł II spoczął w grobie w ziemi, bez sarkofagu.
Uroczystości pogrzebowe Jana Pawła II zakończyły się ok. godz. 14.30. Wcześniej mszy pogrzebowej przewodniczył dziekan Kolegium Kardynalskiego, niemiecki kardynał Joseph Ratzinger.
Przy wtórze maryjnego kantyku
Procesja z trumną Papieża wyruszyła z Placu św. Piotra przy wtórze maryjnego kantyku "Magnificat" - pieśni Maryi z Ewangelii Łukasza (Łk. 1, 46-55). Do Grot Watykańskich procesję poprowadził kamerling Eduardo Martiznez Somalo, ubrany w czerwoną liturgiczną kapę.
Za nim szli byli prefekci kongregacji, Archiprezbiter Bazyliki Watykańskiej kardynał Francesco Marchisano, były sekretarz stanu kardynał Angelo Sodano, wikariusz Rzymu kardynał Camillo Ruini, Substytut Sekretariatu Stanu abp Leonardo Sandri, Prefekt Domu Papieskiego abp James Michael Harvey, wicekamerling abp Paolo Sardi oraz przedstawiciele tzw. papieskiej rodziny, czyli najbliższego otoczenia Papieża - arcybiskup Stanisław Dziwisz i prałat Mieczysław Mokrzycki.
Procesja, w której szli też pozostali kardynałowie celebrujący mszę pogrzebową i obecni na mszy szefowie oficjalnych delegacji, weszła do Bazyliki św. Piotra przez bramę świętej Marty przy wtórze psalmu 114, ukazującego cuda towarzyszące wyjściu Izraela z Egiptu.
Zejście do Grot Watykańskich znajduje się w pobliżu konfesji św. Piotra - głównego ołtarza nad grobem Apostoła, pierwszego biskupa Rzymu.
Ostateczne zamknięcie trumny
Według podanych wcześniej opisów przebiegu ceremonii złożenia do grobu trumny z ciałem Papieża - w Grotach Watykańskich nastąpiło drugie, ostateczne jej zamknięcie. Do trumny złożono woreczek z medalami upamiętniającymi 26-letni pontyfikat oraz zapieczętowany, zrolowany i zamknięty w metalowej tubie dokument z krótkim łacińskim opisem życia Jana Pawła II. Odśpiewano psalm 114 ("Gdy Izrael wychodził z Egiptu"), psalm 118 ("Dziękujcie Panu, bo jest dobry") oraz psalm 42 ("Tęsknota za Bogiem i świątynią z prośbą o powrót do świątyni").
Podczas ceremonii złożenia do grobu kardynał Ratzinger na przemian diakonem odmówili modlitwę "Panie zmiłuj się nad nami", a potem wraz z wiernymi "Ojcze nasz" po Łacinie.
Trumna z pieczęciami
Trumnę z drzewa cyprysowego opasano czerwonymi wstęgami z pieczęciami Kamery Apostolskiej, Prefektury Domu Papieskiego, Urzędu Obrzędów Liturgicznych Papieża i kapituły Watykańskiej. Umieszczono ją w drugiej podwójnej trumnie wewnątrz ocynkowanej, a z zewnątrz - z drzewa orzechowego, którą także opatrzono pieczęciami wspomnianych urzędów, którą natychmiast szczelnie zamknięto. Na wieku ustawiono krzyż i herb Jana Pawła II.
W czasie składania trumny do grobu zebrani odśpiewali hymn "Salve Regina" - "Witaj Królowo" - jednej z najstarszych (XI w.) antyfon ku czci Matki Bożej, matki Miłosierdzia. Na zakończenie ceremonii notariusz Kapituły Bazyliki watykańskiej sporządził i odczytał wszystkim obecnym świadectwo prawdziwości pochówku.
Przebieg uroczystości
Piątkowe uroczystości pogrzebowe Papieża rozpoczęły się rano od złożenia ciała Jana Pawła II do trumny. Następnie została ona przeniesiona na Plac św. Piotra i ustawiona przed ołtarzem, przy którym odprawiono uroczystą mszę św. pogrzebową. Przy trumnie, na której leżała księga Ewangelii, stał też Paschał - świeca symbolizująca Chrystusa Zmartwychwstałego.
Msza była koncelebrowana przez pochodzących ze wszystkich kontynentów kardynałów, w tym patriarchów katolickich Kościołów Wschodnich. Odprawiona została po łacinie i po włosku, a niektóre jej fragment m.in. modlitwa wiernych, także w innych językach. Homilię wygłosił kardynał Ratzinger. Specjalną modlitwę za zmarłych odśpiewali koncelebrujący mszę hierarchowie katolickich Kościołów wschodnich.
W piątkowej Eucharystii uczestniczyło dwieście oficjalnych delegacji z szefami państw i rządów oraz przedstawicielami rodów królewskich i książęcych, przywódcami wyznań i religii z całego świata i szefami największych organizacji międzynarodowych.