Generał zmarł w wieku 72 lat w Krasnogorsku pod Moskwą. Przyczyny śmierci nie ujawniono.
W roku 1983 Kornukow dowodził obroną powietrzną na Sachalinie. 1 września tego roku samolot pasażerski Boeing 747 lecący z Nowego Jorku do Seulu wleciał przypadkowo w przestrzeń powietrzną ZSRR w pobliżu Sachalinu - pisze amerykański dziennik "New York Times".
Dziennik przypomina, że władze radzieckie sądziły, że jest to szpiegowski samolot wysłany przez USA. Stosując się do poleceń przełożonych Kornukow wydał rozkaz pilotowi z podległej mu eskadry myśliwców na Sachalinie zestrzelenia samolotu, co też nastąpiło.
Incydent potępiony przez ówczesnego prezydenta USA Ronalda Reagana jako "atak terrorystyczny" został uznany za jeden z najciemniejszych epizodów zimnej wojny. Rola w nim Anatolija Kornukowa wyszła na jaw w roku 1998, gdy prezydent Rosji Borys Jelcyn mianował go dowódcą rosyjskich sił powietrznych.
Pytany w wywiadzie dla rosyjskiej telewizji w roku 1998, czy żałuje wydania rozkazu o zestrzeleniu Boeinga-747, Kornukow powiedział, że wspomnienie to wywołuje nieprzyjemne uczucia, a tamte wydarzenia pozostawiły na nim swe piętno i przysporzyły siwych włosów na głowie. Z drugiej strony jednak w tym samym wywiadzie Kornukow podkreślił, że "zawsze był przekonany, że wydał słuszny rozkaz".
- Czasami w operacjach strategicznych musimy poświęcić bataliony, by ocalić armię - dodał generał.
