Sędziowie doszli do wniosku, że udział w zabójstwie dwóch partyzantów w 1953, czego dopuścił się Vytautas Vasiliauskas, nie może zostać wstecznie określony jako zbrodnia ludobójstwa, gdyż litewskie przepisy rozszerzające definicję ludobójstwa wprowadzono dopiero w latach 90. i nie mogą one być podstawą do retroaktywnego skazania funkcjonariusza litewskiego Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego działającego w regionie Kowna, ponieważ zakazuje tego europejska konwencja praw człowieka.
Litewski rząd bezskutecznie argumentował w Strasburgu, że konwencja nie stanowi przeszkody w sądzeniu osób, które dopuściły się czynu zagrożonego karą "według ogólnych zasad uznanych przez narody cywilizowane". Wielka Izba Trybunału stosunkiem głosów dziewięć do ośmiu orzekła, że tak nie jest, ponieważ litewskie przepisy, na podstawie których skazano Litwina w 2004 roku na sześć lat więzienia (wykonanie wyroku zawieszono z powodu stanu zdrowia skazanego), są szersze niż powszechnie przyjęte normy międzynarodowe obowiązujące w latach 50.
Konwencja ONZ w sprawie zapobiegania i karania zbrodni ludobójstwa z 1948 roku karze za "czyny dokonane w zamiarze zniszczenia w całości lub części grup narodowych, etnicznych, rasowych lub religijnych". Tymczasem litewskie krajowe przepisy o ściganiu ludobójstwa dodają do tego jeszcze "grupy społeczne i polityczne". Władze w Wilnie uważają za nich żołnierzy podziemia niepodległościowego, które wykształciło się w latach 40. w ramach oporu przeciwko przyłączeniu Litwy do ZSRR i radzieckiej dominacji. Zdaniem Trybunału zabójstw członków takich grup w latach 40. i 50. nie uważano powszechnie za ludobójstwo, a zatem litewskie sądy nie mogą ukarać Vasiliauskasa w myśl jednej z głównych zasad prawa, jaką jest zasada niedziałania prawa wstecz.
Do sprawy toczącej się przed Trybunałem dołączyła z własnej inicjatywy Rosja, która zaprotestowała przeciwko przypisywaniu władzom Litewskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej zbrodni przeciwko ludzkości i zbrodni ludobójstwa, twierdząc, że jest to "jaskrawe przeinaczenie rzeczywistości historycznej".
Trybunał uznał, że Litwa złamała zakaz karania bez podstawy prawnej, zapisany w art. 7 konwencji praw człowieka i zasądził zapłacenie przez Litwę Vytautasowi Vasiliauskasowi odszkodowania za doznane straty moralne w wysokości 10 tys. euro plus zwrot kosztów w wysokości 2 450 euro.
