W skład pionu archiwalnego wchodzą trzy referaty: Ewidencji; Gromadzenia, Opracowywania i Obsługi Magazynów oraz Udostępniania i Informacji Naukowej. Archiwa IPN przejęły zasoby Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, Urzędu Ochrony Państwa, Ministerstwa Obrony Narodowej, Ministerstwa Sprawiedliwości i Archiwum Akt Nowych.