Janusz Kurtyka podkreślił, że zgodę na wydanie tych dokumentów z samych przyczyn administracyjnych mógł wydać jedynie naczelnik pionu archiwalnego IPN w Krakowie. Zaznaczył, że dyrektor oddziału nie ma z tą procedurą nic wspólnego i nie uczestniczy w żadnym etapie procedury udostępniania dokumentów.
Zdaniem Janusza Kurtyki oskarżenia przeciwko niemu mają swoje źródło w strukturach Instytutu Pamięci Narodowej. Kurtyka określił je jako "inspirowaną kampanię" i zaznaczył, że będzie dążył do wyjaśnienia całej sprawy.
Kolegium IPN skreśliło Andrzeja Przewoźnika z listy kandydatów na prezesa Instytutu po ujawnieniu przez Zbigniewa Fijaka dokumentów mających świadczyć o jego spółpracy z SB. Materiały te pochodziły z krakowskiego IPN, którym kieruje Janusz Kurtyka.
Według "Gazety Wyborczej", inicjatorem upublicznienia notatki pochodzącej z krakowskiego oddzialu IPN był właśnie Kurtyka. "Gazeta" powołuje się na rozmowę z Leonem Kieresem, który od Janusza Kurtyki miał dowiedzieć się o udostępnieniu notatki działaczowi krakowskiej PO Zbigniewowi Fijakowi, który ujawnił notatkę mediom w tydzień po jej otrzymaniu 21 czerwca 2005 roku, a w miesiąc po ogłoszeniu przez Przewoźnika, że kandyduje na stanowisko prezesa IPN.
