Przeciwko oskarżeniom wobec Babkina protestowali znani rosyjscy obrońcy praw człowieka, w tym Ludmiła Aleksiejewa, Lew Ponomariow, Aleksiej Simonow i Witalij Ginzburg.
Babkin miał - według rosyjskiej Federalnej Służby Bezpieczeństwa (FSB) - przekazać Amerykaninowi Edmondowi Pope publikacje dotyczące danych przeznaczonej na eksport rosyjskiej torpedy "Szkwał" i narazić w ten sposób Rosję na straty finansowe.
Naukowiec bronił się twierdząc, że swoje publikacje pisał dla Uniwersytetu w Pensylwanii na podstawie umowy między amerykańską instytucją naukową a własną uczelnią - Moskiewskim Państwowym Uniwersytetem Technicznym (MGTU).
