Andrzej Marek urodził się 9 maja 1940 r. w Brzozowie (woj. podkarpackie). W latach 1959-1964 studiował prawo na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika. Bezpośrednio po studiach został asystentem w katedrze Prawa Karnego UMK, kierowanej wówczas przez prof. Jerzego Śliwowskiego.
Doktoryzował się na UMK w 1968 r. na podstawie rozprawy "Stopień społecznego niebezpieczeństwa czynu jako podstawa umorzenia postępowania karnego", napisanej pod kierunkiem prof. Wisława Daszkiewicza. Stopień doktora habilitowanego uzyskał w 1972 r. na Uniwersytecie Łódzkim, na postawie rozprawy "Warunkowe umorzenie postępowania karnego w polskim ustawodawstwie karnym". Tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego uzyskał w 1979 r., a profesora zwyczajnego - w 1985 r.
Pełnił wiele funkcji akademickich na UMK. Na Wydziale Prawa i Administracji był prodziekanem (1973-1975), dziekanem (1878-1981), dyrektorem Instytutu Prawa Karnego i Kryminologii (1979-1990), a później kierownikiem Katedry Prawa Karnego i Kryminologii. Przez wiele kadencji był członkiem senatu UMK.
Prof. Marek zajmował się prawem karnym, prawem karnym procesowym, prawem wykroczeń, kryminologią i wiktymologią. Był autorem ponad 300 monografii, podręczników, artykułów, komentarzy ustaw i ekspertyz. Był m.in. redaktorem naczelnym 11-tomowego Systemu Prawa Karnego, będącego bezprecedensowym przedsięwzięciem, w które zaangażowani są naukowcy z całego kraju.
Był członkiem Komisji ds. Reformy Prawa Karnego z 1973 r. (1989-1996), powołanej przez prezydenta komisji w sprawie nowelizacji prawa karnego (2001-2002), ekspertem Nadzwyczajnej Komisji Sejmu ds. Zmian Kodyfikacji (2002-2004), przewodniczącym zespoły prawa karnego materialnego w Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Karnego przy Ministrze Sprawiedliwości (2004-2005).
Prof. Marek był członkiem międzynarodowych i krajowych organizacji naukowych, takich jak: International Association of Penal Law, International Society of Criminology, World Society of Victimology, Towarzystwo Naukowe Prawa Karnego, Polskie Towarzystwo Kryminologiczne im. St. Batawii i Towarzystwo Naukowe Naukowe w Toruniu.
Za zasługi dla rozwoju nauki, zaangażowanie w procesy legislacyjne i pracę na rzecz środowiska akademickiego profesor został uhonorowany Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, a także licznymi nagrodami ministra nauki i szkolnictwa wyższego oraz rektora UMK.
