Budowniczowie przekopu przez Mierzeję Wiślaną będą musieli przesadzić hektary szuwarów, wstrzymywać roboty na czas migracji węgorzy, ustawiać budki i gniazda dla ptaków, a nawet odławiać i przenosić ryby. 142 warunki związane z ochroną przyrody czynią to przedsięwzięcie prawie niemożliwym do wykonania.