Tym rozwścieczył Putina. Popełnił samobójstwo?
W latach 90., ze względu na swoją powszechnie znaną pozycję finansową i polityczną oraz prowokacyjny sposób zachowania, wiele ryzykował. Kilkakrotnie doszło do zamachów na jego życie, między innymi w 1994 r. bomba podłożona w samochodzie zniszczyła jego mercedesa 600 i zabiła kierowcę. Sam Bieriezowski cudem uszedł z życiem. Pojawiło się wiele podejrzeń co do jego udziału w matactwach finansowych, od malwersacji po transakcje z mafią.
Kiedy w 1999 r. premierem został popularny polityk Jewgienij Primakow, pozycja Bieriezowskiego się zachwiała. Jego bezczelny urok i uśmiech stale goszczący na twarzy przestały automatycznie otwierać drzwi, a na "Rodzinę" nie dało się już tak łatwo wpływać. Niebawem Primakow oskarżył go o pranie pieniędzy w związku z operacjami dotyczącymi Aerofłotu, w końcu wydano nakaz aresztowania oligarchy za "nielegalną działalność gospodarczą". Co prawda dochodzenie zawieszono, kiedy Jelcyn niespodziewanie zdymisjonował Primakowa (co Bieriezowski uznał za swoje "osobiste zwycięstwo"), ale kłopoty oligarchy bynajmniej się nie zakończyły.
Bieriezowski powiedział kiedyś, że "może i z małpy zrobić prezydenta". Prawdopodobnie odegrał kluczową rolę w wyborze Władimira Putina na następcę Jelcyna w 2000 r. Wykorzystawszy jednak swoją pozycję i kanał telewizyjny do zapewnienia poparcia Putinowi, skwapliwie dał do zrozumienia, że nowy prezydent został wybrany przez niego i że może to być rozwiązanie tymczasowe, co rozwścieczyło Putina. Bieriezowski, który na początku 1999 r. wciąż był najpotężniejszym człowiekiem w Rosji, mimowolnie oddał ten tytuł. Gdy rozdrażnił nowo wybranego prezydenta, znów pojawiły się nieuchronne oskarżenia o uchylanie się od płacenia podatków i korupcję. Stało się jasne, że jeśli oligarcha chce pozostać na wolności, musi sprzedać swoje aktywa w postaci ropy naftowej i mediów, co bardzo szybko uczynił.
W 2000 r. ich nabywcą został jego protegowany, o dwadzieścia lat młodszy Roman Abramowicz. Bieriezowski utracił jednak mandat poselski, a tym samym immunitet. Dlatego pół roku później musiał uciec z kraju, żeby uniknąć nowych zarzutów o oszustwa podatkowe i pranie brudnych pieniędzy. Nawet jeśli nadal mógł się nazywać bogaczem, przypadł mu w udziale gorzki los wygnańca. Zamieszkał w Londynie. Sądy rosyjskie skazały go na blisko 20 lat pozbawienia wolności za malwersacje w AwtoWAZ-ie i Aerofłocie. Nie zanosiło się jednak na to, żeby Bieriezowski wrócił do Rosji, dopóki władzę sprawuje Putin.
Miał też wielu wrogów poza Putinem. W jego rezydencji w południowo-wschodniej Anglii zainstalowano podobno kuloodporne okna, a strzegli jej weterani Legii Cudzoziemskiej. Tam od lat pracował nad obaleniem moskiewskiego reżimu i stamtąd apelował do Rosjan, żeby zaczęli "rewolucję". Oskarżano go o wiele rzeczy - od finansowania pomarańczowej rewolucji na Ukrainie do otrucia dysydenta Aleksandra Litwinienki. Fama głosi, że zbierał wszystko, co o nim napisano, i że miał dwa tysiące stron wycinków prasowych. Nigdy już jednak nie uzyskał takich wpływów jak podczas wyborów prezydenckich w 1996 r. 23 marca 2013 r. popełnił samobójstwo w niewyjaśnionych dotąd okolicznościach.