"Raczej zgniję w więzieniu, niż pójdę na kompromis z tymi kryminalistami"
Najbogatszy człowiek w Rosji, z majątkiem szacowanym na 15 mld dolarów, został aresztowany przez uzbrojony oddział elitarnej jednostki 25 października 2003 r. podczas międzylądowania jego prywatnego samolotu w Nowosybirsku. Przy wielu okazjach mógł wyjechać z kraju, ale z nich nie skorzystał. "Raczej zgniję w więzieniu, niż pójdę na kompromis z tymi kryminalistami", oznajmił kilka miesięcy wcześniej. Formalnie Chodorkowski został oskarżony o nadużycia związane z Jukosem, ale wielu obserwatorów uważa, że prawdziwym powodem aresztowania było jego poparcie dla grup krytycznych wobec rządu. O fatalnej reputacji oligarchów świadczy znamienny fakt, że jedyne poważne zastrzeżenia wobec zatrzymania Chodorkowskiego wysunęła finansowana przezeń partia komunistyczna oraz znajdujący się już na emigracji Bieriezowski.
Chodorkowski został skazany na osiem lat pobytu w kolonii karnej koło miasta Czyta na granicy Syberii z Chinami. Był chyba najbogatszym więźniem na świecie, ale uznał, że ma obowiązek pracować, i szył rękawice. Co więcej, został później oskarżony o malwersacje i 30 grudnia 2010 r. wyrok przedłużono mu do 2017. 20 grudnia 2013 r. Chodorkowski został ułaskawiony przez prezydenta Putina, który chciał złagodzić tym gestem międzynarodową krytykę swoich rządów przed zimowymi igrzyskami olimpijskimi w Soczi 2014. Wypuszczony na wolność Chodorkowski jeszcze tego samego dnia opuścił Rosję. Obecnie mieszka w Szwajcarii. 18 lipca 2014 r. Trybunał Arbitrażowy w Hadze podjął decyzję, że Rosja ma zapłacić byłym akcjonariuszom Jukosu 50 mld dolarów za bezprawne przejęcie majątku spółki w następstwie decyzji politycznej Władimira Putina. Moskwa zapowiada odwołanie się i wniosek o kasację.
Poglądy na temat Chodorkowskiego bardzo się różnią, co jest świetną ilustracją ambiwalentnego wizerunku oligarchów przedsiębiorców. Uznany dziennikarz Jewgienij Kisieliow wychwalał Chodorkowskiego, ojca czworga dzieci, jako "byłego właściciela największej rosyjskiej spółki naftowej odnoszącej największe sukcesy, patrona sztuki, filantropa i oddanego rzecznika demokratycznych przemian w Rosji". Są też jednak całkiem odmienne opinie, przedstawiające nieuznającego prawa oportunistę technokratę, gotowego iść po trupach, by osiągnąć zamierzony cel. Na przykład amerykański zarządca funduszu Bill Browder stwierdził: "Po tym wszystkim, co zrobił, z pewnością nie zasługuje na sympatię jako więzień polityczny". Historia Chodorkowskiego świadczy o tym, że oligarchów przedsiębiorców nie sposób zaklasyfikować do jednej kategorii.