"Byłem całkowicie bezbronny, a on okładał mnie pięściami, krzycząc 'Zajeb... cię!'"
Biedroń w latach 90. działał w organizacji młodzieżowej Socjaldemokracji RP, a następnie w samej SdRP. Później został członkiem Federacji Młodych Socjaldemokratów oraz Sojuszu Lewicy Demokratycznej, zasiadał w krajowym komitecie wykonawczym tej partii. W 2001 r. jako jeden z pierwszych polityków wziął udział w warszawskiej Paradzie Równości. Z listy SLD kandydował bez powodzenia w wyborach do sejmu w 2005 r., otrzymując 1686 głosów (co stanowiło 0,22 proc. wszystkich głosów oddanych w okręgu warszawskim). W tym samym roku wystąpił z SLD.
Został oskarżony w postępowaniu karnym o znieważenie uczuć religijnych, gdy - w reakcji na wypowiedź jednej z działaczek katolickich określającej homoseksualizm jako chorobę - stwierdził, że słowa te oddają w pełni faszystowsko-nacjonalistyczno-katolicki charakter nagonki na środowisko homoseksualistów. W 2006 r. Sąd Rejonowy w Elblągu uniewinnił go od popełnienia zarzucanego mu czynu.
W 2011 r. prokurator Prokuratury Rejonowej Warszawa-Śródmieście skierował przeciwko niemu akt oskarżenia o naruszenie nietykalności cielesnej funkcjonariusza policji podczas demonstracji 11 listopada 2010 r. Robert Biedroń nie przyznał się do sprawstwa. Twierdził, iż sam wówczas został pobity przez policjantów - śledztwo w sprawie rzekomego przekroczenia przez nich uprawnień zostało jednak umorzone. W 2014 r. polityk został w pierwszej instancji nieprawomocnie uniewinniony. Tak opisywał tamte wydarzenia w wywiadzie z magazynem "Queer": "Byłem zszokowany. Policjanci praktycznie mnie ciągnęli, ledwo szedłem. Nic nie słyszałem. Dopiero jak obejrzałem film na Youtube, dotarły do mnie te okrzyki: 'Biedroń, chcesz w pupę?', 'Niech Cię pałką poczęstują!', 'Zakaz pedałowania!'...".
Biedroń prosił wlokących go policjantów, by pozwolili mu iść. "Jeśli już nawet uznali by mnie za niebezpiecznego - co jest absurdem - to powinni mnie co najwyżej obezwładnić. A oni się po prostu znęcali nade mną - wlekli mnie skutego kajdankami. Nie reagowali, gdy krzyczałem, że duszę się własnym szalikiem. Można naprawdę się zdołować - w demokratycznym kraju nie tak powinno wyglądać zatrzymanie obywatela nie stawiającego oporu. Potem policjant pobił mnie w tym radiowozie, do którego mnie wrzucili. Byłem całkowicie bezbronny, a on okładał mnie pięściami, krzycząc 'Zajeb... cię!'. Po chwili w radiowozie zjawili się następni" - opowiadał.
Rok temu po Paradzie Równości w Warszawie Biedroń również został zaatakowany i doznał obrażeń - dwóch napastników uderzyło go m.in. w brzuch. "Jeden do drugiego powiedział: 'Zobacz, to ta parówa'. Skoro tak się zachowywali, poprosiłem, aby wyszli. Wtedy jeden z nich podniósł rękę, krzyknął 'spie...laj cioto' i mnie walnął - relacjonował Biedroń w rozmowie z Radiem TOK FM.
Na zdjęciu z 11 listopada 2010 r. Biedroń zatrzymany przez policjantów podczas kontrdemonstracji na rzecz "Marszu Niepodległości" organizowanego przez Młodzież Wszechpolską i ONR w Warszawie.