Walczył z Kościołem
Pytany o to, dlaczego przywiązywał tak dużą wagę do walki z Kościołem Kiszczak odpowiadał, że to całkowicie nieuprawniona teza. "Lata, w których szefowałem MSW, to najjaśniejszy okres w stosunkach państwo - Kościół. Za moich czasów żaden ksiądz nie został aresztowany, zatrzymany lub rewidowany z wyjątkiem ks. Zycha zamieszanego w zabójstwo sierżanta Karosa" - bronił się.
A jednak w SB, która jemu podlegała, działał cały departament, który zajmował się walką z Kościołem. "Nie ja go utworzyłem, ja go zlikwidowałem. Przez całe lata 80. prowadziłem dialog z hierarchami. To są fakty, które potwierdzają historycy i strona kościelna. Opisuje to Peter Raina i ks. bp Alojzy Orszulik. Rozmowy rozpocząłem 14 lub 15 grudnia 1981 r. z kardynałem Franciszkiem Macharskim. Wszystkie postulaty Kościoła załatwiłem pozytywnie. Zaproponowałem przywrócenie stosunków Polska-Watykan, państwo-Kościół, a później dopuszczenie opozycji do współrządzenia krajem".
Kiszczak kazał nagrywać i analizować kazania - w latach 80. popłynął z MSW rozkaz, żeby jednej niedzieli nagrać i przesłuchać 15 tys. kazań. Pracownicy jego resortu mieli też zakaz chodzenia do Kościoła, choć Kiszczak twierdzi, że nie wydał takiego zakazu. "Było zalecenie jeszcze z lat 40. albo 50., ale patrzyłem na to przez palce. Partia to też swoista religia" - mówił.