"Solidarność mogła zabić Popiełuszkę"
Kiszczak w rozmowie z 2009 r. odniósł się również do sprawy zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki. I w tym przypadku zapewnia, że nie miał ze sprawą nic wspólnego. Morderców księdza nazywa "wyrodkami, którzy w aparacie państwowym znaleźli się przypadkowo". Sugeruje, że za mordercami stał ktoś wyżej postawiony, kto chciał usunąć go ze stanowiska. Kto? Zdaniem Kiszczaka mogli to być... przedstawiciele "Solidarności". - Aparat państwowy nie skorzystał na śmierci kapelana opozycji - podkreślał na antenie TVN24 Kiszczak, według którego zabójstwo księdza było wymierzone w niego i gen. Jaruzelskiego.
Kiszczak i gen. Jaruzelski lansowali tezę, że za zabójstwem księdza Jerzego Popiełuszki stał twardogłowy i wysoko notowany w Moskwie sekretarz KC PZPR Mirosław Milewski. "Dziennikarze z Krakowa pokazali mi notatkę związaną z zatrzymaniem ks. Popiełuszki w 1983 r. Nie znałem jej. Jej autorem jest ówczesny zastępca prokuratora generalnego Józef Żyto. Pisze on, że zatelefonował do Milewskiego, aby powiadomić go o wynikach rewizji w mieszkaniu kapłana. Rozmowa, jak wynika z notatki, dotyczy również zatrzymania. Milewski mówi, że musi to z kimś skonsultować, i prosi Żytę o telefon za chwilę. W kolejnej rozmowie przekazuje Życie, że zatrzymanie jest zasadne. Zamknięcie księdza za moimi plecami spowodowało napięcie w relacjach z Kościołem. Byłem umówiony z abp. Bronisławem Dąbrowskim, że żaden duchowny nie zostanie zatrzymany i zrewidowany bez mojej wiedzy. Ponadto uzgodniłem, że o każdym zatrzymaniu on będzie informowany. Kiedy zatrzymano księdza, arcybiskup zadzwonił z pretensjami. W zażegnywanie tego incydentu
musiał się włączyć sam Jaruzelski. Miałem ostrą rozmowę z prokuratorem, Popiełuszkę zwolniono. Przeprosiłem Kościół. Wtedy nie czułem się na siłach, żeby sprawę wyjaśnić do końca. Wystarczyło mi utarcie nosa prokuraturze, Milewskiemu i warszawskiej organizacji partyjnej" - opowiadał "Dziennikowi-Gazecie Prawnej".
Cała ta zbrodnia była prowokacją, która - jak twierdził - miała doprowadzić do usunięcia go ze stanowiska. "Nowy szef MSW sprawców prawdopodobnie by nie ścigał" - stwierdzał.