Masakra w "Wujku"
W 1972 r. został szefem zarządu II Sztabu Generalnego Ludowego Wojska Polskiego (instytucja prowadząca wywiad wojskowy). W 1978 r. mianowany zastępcą szefa Sztabu Generalnego Ludowego Wojska Polskiego. Od 1979 r. był szefem Wojskowej Służby Wewnętrznej. W 1981 r. przeszedł do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych na stanowisko Ministra SW. Był bliskim współpracownikiem gen. Jaruzelskiego. Członek WRON, brał udział w organizowaniu stanu wojennego w PRL.
16 grudnia 1981 r. doszło do masakry górników strajkujących w kopalni "Wujek" i "Manifest Lipcowy" przeciw ogłoszeniu stanu wojennego. Podczas pacyfikacji siłami milicji oraz wojska i w wyniku strzałów oddziału ZOMO zginęło dziewięciu górników, a 24 zostało rannych. Wobec Kiszczaka w tej sprawie toczyły się cztery procesy. W 1996 r. wyrokiem uniewinniającym zakończył się pierwszy z nich. Kiszczak oskarżony był o napisanie szyfrogramu umożliwiającego MO użycie broni wobec strajkujących. W drugim procesie, który zakończył się w 2004 r., Kiszczak został wyrokiem sądu uznany za winnego przyczynienia się do śmierci górników z kopalń "Wujek" i "Manifest Lipcowy". Sąd skazał generała na cztery lata więzienia (w wyniku amnestii złagodzono karę do dwóch lat i zawieszono jej wykonanie). Sąd apelacyjny nakazał powtórzyć proces. Trzeci proces generała rozpoczął się w 2006 r. W lutym 2007 r. miał zapaść wyrok, jednak oskarżony nie uczestniczył w procesie z powodu choroby. 10 lipca 2008 r. sąd uznał, że były szef MSW
ponosi "winę nieumyślną" za przyczynienie się do śmierci górników z kopalni "Wujek" i umorzył sprawę. W lutym 2010 r. rozpoczął się czwarty proces Kiszczaka oskarżonego o przyczynienie się do śmierci górników. 26 kwietnia 2011 r. warszawski Sąd Okręgowy uniewinnił generała.