Najpierw zginęli ludzie z jego otoczenia
Bieriezowski został deputowanym Dumy Państwowej Zgromadzenia Federalnego Federacji Rosyjskiej z okręgu wyborczego Karaczajewo-Czerkieskiego. Gdy rozdrażnił nowo wybranego prezydenta, pojawiły się nieuchronne oskarżenia o uchylanie się od płacenia podatków i korupcję. Stało się jasne, że jeśli oligarcha chce pozostać na wolności, musi sprzedać swoje aktywa w postaci ropy naftowej i mediów, co bardzo szybko uczynił.
W 2000 r. ich nabywcą został jego protegowany, o dwadzieścia lat młodszy Roman Abramowicz. Na znak protestu przeciwko odejściu nowego prezydenta od kursu reform Borysa Jelcyna, jesienią 2000 r. Bieriezowski zrzekł się mandatu deputowanego i ogłosił przejście do opozycji. Stworzył Fundację Swobód Obywatelskich.
Pół roku później musiał uciec z kraju, żeby uniknąć nowych zarzutów o oszustwa podatkowe i pranie brudnych pieniędzy. Nawet jeśli nadal mógł się nazywać bogaczem, przypadł mu w udziale gorzki los wygnańca. Zamieszkał w Londynie. Sądy rosyjskie skazały go na blisko 20 lat pozbawienia wolności za malwersacje w AwtoWAZ-ie i Aerofłocie. W 2001 r. z inicjatywy Siergieja Juszenkowa, Władimira Gołowlewa i Borysa Bieriezowskiego powstała partia Liberalna Rosja. W 2002 r. Bieriezowski opublikował Manifest rosyjskiego liberalizmu, który legł u podstaw programu partii. W tym samym roku Borys Abramowicz został wybrany liderem partii Liberalna Rosja. Władimira Gołowlewa zamordowano w sierpniu 2002 r. Siergieja Juszenkowa - w kwietniu 2003 r. 23 marca 2013 r. Bieriezowski popełnił samobójstwo w niewyjaśnionych dotąd okolicznościach.