"Mogę i z małpy zrobić prezydenta" - tym rozwścieczył Putina
W latach 90., ze względu na swoją powszechnie znaną pozycję finansową i polityczną oraz prowokacyjny sposób zachowania, wiele ryzykował. Kilkakrotnie doszło do zamachów na jego życie, między innymi w 1994 r. bomba podłożona w samochodzie zniszczyła jego mercedesa 600 i zabiła kierowcę. Sam Bieriezowski cudem uszedł z życiem. Pojawiło się wiele podejrzeń co do jego udziału w matactwach finansowych, od malwersacji po transakcje z mafią.
Na początku 1996 r. Bieriezowski zainicjował konsolidację nowej finansowo-przemysłowej elity Rosji w celu poparcia wyboru Borysa Jelcyna na stanowisko prezydenta. Miało to znaczący wpływ na utrzymanie rosyjskiego kursu reform. W październiku 1996 r. prezydent Rosji mianował Bieriezowskiego zastępcą sekretarza Rady Bezpieczeństwa Rosji, gdzie przez rok efektywnie zajmował się jednym z najtrudniejszych problemów współczesnej Rosji: przywróceniem pokoju w republice Czeczenii.
W kwietniu 1998 r. Bieriezowski został wybrany przez prezydentów WNP na sekretarza wykonawczego WNP. Zajmował to stanowisko do marca 1999 r. Bieriezowski wziął aktywny udział w organizacji kampanii prezydenckiej w latach 1999-2000, w efekcie której prezydentem Rosji został Władimir Putin. Powiedział kiedyś, że "może i z małpy zrobić prezydenta". Wykorzystawszy swoją pozycję i kanał telewizyjny do zapewnienia poparcia Putinowi, skwapliwie dał do zrozumienia, że nowy prezydent został wybrany przez niego i że może to być rozwiązanie tymczasowe, co rozwścieczyło Putina.