Konał przez miesiąc

Kiedy szlachta czeska, w większości protestancka, zbuntowała się przeciw Austrii, hetman Moraw baron Lobkovic i kard. Dietrichśtein, a także kanonicy ołomunieccy i liczni duchowni katoliccy zostali aresztowani, zaś jezuici wypędzeni. W lutym 1620 r. na Morawy wtargnęło wojsko polskie - lisowczycy, którzy pustoszyli majątki szlachty protestanckiej. Na wieść o tym, że zbliżają się do miasta, Sarkander zgromadził w swoim kościele prawie wszystkich mieszkańców, wśród których byli zarówno katolicy, jak i protestanci. Razem z nimi udał się w procesji eucharystycznej naprzeciw nadciągającym żołnierzom, wierząc, że uszanują Najświętszy Sakrament i nikogo nie skrzywdzą, l rzeczywiście, lisowczycy oszczędzili Holeszów i poszli dalej.

To wydarzenie stało się powodem oskarżenia ks. Jana Sarkandra przez protestantów o sprowadzenie polskiego wojska na Morawy. Został pojmany i osadzony w więzieniu w Ołomuńcu. Zaczęły się przesłuchania, w czasie których żądano, by przyznał się do winy i wyjawił tajemnicę spowiedzi św. hetmana Moraw barona Lobkovica. Milczenie oskarżonego próbowano złamać stosując coraz bardziej okrutne tortury, jego ciało wielokrotnie naciągano na tzw. skrzypiec - drewnianą konstrukcję z kołem, przy którego nieznacznym obrocie pękały ścięgna, a kości wychodziły ze stawów. Oprawcy posądzili go także o uprawianie czarów. Kat ogolił go, obciął mu włosy, wąsy, paznokcie u rąk i nóg, a potem wszystko spalił na popiół, który następnie zmieszał z wodą i dał Janowi do wypicia. Później został zdjęty ze skrzypca i nieprzytomny wrzucony do celi. Dogorywał tam na słomie przez miesiąc. Modląc się do końca, także za swoich oprawców, Sarkander godnie znosił straszliwe cierpienia. 17 marca 1620 r. zmarł na skutek doznanych obrażeń.

3 listopada 1859 r. papież Pius IX ogłosił Jana Sarkandra błogosławionym, a 21 maja 1995 r. w Ołomuńcu papież Jan Paweł II go kanonizował.