Nowe rozwiązanie legislacyjne przewiduje także zmiany w zasadach ewidencji kościelnych organizacji charytatywnych, które mają być rejestrowane nie - jak dotąd - w wydziale wyznań Ministerstwa Kultury, ale w wydziałach gospodarczych gmin. Właśnie ta ostatnia zmiana wzbudziła oburzenie Kościołów i była główną przyczyną, dla której prezydent Havel zdecydował się zawetować ustawę.
Kościoły, głównie Kościół katolicki, obawiają się, że stracą wpływ na działalność organizacji charytatywnych, które bardziej niż działalności statutowej mogą się obecnie poświęcać działalności gospodarczej ukierunkowanej przede wszystkim na osiąganie zysku.
Przedstawiciele rządu zdążyli już zresztą zapowiedzieć, że z ulg podatkowych korzystać będą jedynie te organizacje, które prowadzić będą działalność stricte charytatywną, natomiast z obowiązku płacenia podatków nie będą zwalniane np. warsztaty i placówki usługowe, choćby pracowały na rzecz organizacji charytatywnych.
Protesty Kościołów przerwały pracę nad rozdzieleniem Kościoła od państwa. Czescy księża nadal otrzymują państwowe pensje, a czeskie parafie otrzymują państwowe dotacje na działalność.
Kościół katolicki w 10-milionowych Czechach liczy nieco ponad 2,5 mln wiernych. W rozmowach o oddzieleniu od państwa domaga się m.in. zwrotu majątków kościelnych, tj. zwrotu około 5 tys. nieruchomości. Strona rządowa twierdzi, że gotowa jest na taki krok, ale zwracając obiekty, które nie służą działalności sakralnej (np. kamienice, tartaki, lasy z gajówkami), chce, aby były one traktowane jak wszystkie inne tego typu obiekty, które prowadzą działalność gospodarczą tzn. żeby nie mogły one korzystać z ulg podatkowych. (kar)
