Henderson urodził się w Limie w stanie Ohio. W późnych latach 50. rozpoczął w Detroit studia muzyczne na Uniwersytecie Stanowym Wayne. Już wówczas rozpoczął swą zawrotną karierę jazzową. Występy publiczne Joe Henderson przerwał dopiero rok temu w związku z kłopotami z sercem. Wiele z jego kompozycji, takich jak "Recordame", stało się standardami jazzowymi. Jego muzyka była inspiracją dla wielu artystów jazzowych.
Z Joe Hendersonem pracowało wielu znanych muzyków i zespołów jazzowych, od Milesa Davisa do Blood, Sweat and Tears. Popularność jego muzyki wzrosła po sukcesie płyty "Lush Life" w 1992 r. Tego roku otrzymał także pierwszą nagrodę Grammy.
W wywiadzie przeprowadzonym w 1996 r. Joe Henderson powiedział: Kiedy podnoszę saksofon lubię wtedy myśleć, że to, co z niego płynie, ma rodzaj uczciwości jaką ja sam posiadam. Kiedy gram, nie mogę być jednocześnie sprzedawcą. (aka)
