Podczas wojny uratował 5 tys. lwowskich uczonych
<img src="http://i.wp.pl/a/f/gif/28016/logo_nac_small.gif" alt="NAC" onclick='javascript:window.open("http://i.wp.pl/a/f/html/9560/nac_popup.html","NAC","left=100,top=100,width=500,height=400")' style="cursor:pointer;border-style:none;vertical-align:bottom;display:inline" /> Profesor Weigl nigdy nie zaparł się swojej przybranej ojczyzny. Skutecznie oparł się prośbom i żądaniom Niemców, by podpisać Reichslistę, proponującemu mu podpisanie jej generałowi SS Katzmannowi odpowiedział: "Człowiek raz na całe życie wybiera sobie narodowość. Ja już wybrałem". Pomimo ogromnego osobistego ryzyka, udzielił on brawurowej odpowiedzi na propozycję generała Katzmanna - wysokiego rangą emisariusza Heinricha Himmlera (połączoną z subtelną groźbą nawiązującą do mordu przez Gestapo lwowskich profesorów na Wzgórzach Wuleckich). Odpowiedź Weigla (było to w 1942 czy 1943 r.) brzmiała następująco: "Jako biolog znam zjawisko śmierci i często myślę o śmierci, bo życie stało się takie smutne i beznadziejne. Więc możecie mi zrobić przysługę i mnie zabić, albo musicie mnie akceptować jako polskiego profesora narodowości polskiej".
W 1942 r. zgłoszony do nagrody Nobla, poparcia jego kandydatury odmówili Niemcy jako rewanż za odmowę podpisania Reichlisty i objęcia katedry w Berlinie. Uratował, jak się dziś ocenia, około 5 tys. przedstawicieli lwowskiego środowiska naukowego (także żydowskich naukowców, m.in. Ludwika Flecka i małżeństwo Meislów), zagrożonej wywozem do Niemiec młodzieży akademickiej i gimnazjalnej, bojowników ruchu oporu. Szczepionka nielegalnie trafiała do ludności cywilnej, partyzantów, a także do warszawskiego getta.
Po zakończeniu wojny Weigl zamieszkał w Krakowie i kontynuował swe badania i wytwarzanie szczepionki najpierw na Uniwersytecie Jagiellońskim, później - aż do emerytury w 1951 r. na Uniwersytecie w Poznaniu. Zmarł 11 sierpnia 1957 r. Władze komunistyczne udaremniły przyznanie mu w 1948 r. nagrody Nobla, do której był zgłoszony przez akademię szwedzką. Był fałszywie oczerniany przez niektórych swoich współpracowników o kolaborację z Niemcami. W 2003 r. został pośmiertnie odznaczony przez izraelski instytut Yad Vashem medalem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata.