Tam, gdzie wojna, tam również pojawia się tyfus
Sukcesy, jakie odniósł w swoich badaniach spowodowały, iż w 1920 powołano go na stanowisko profesora biologii ogólnej Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. Pierwszą szczepionkę jej wynalazca wypróbował na sobie, ciężko po niej zachorował. Światowy rozgłos przyniosła Weiglowi akcja szczepień przeciw durowi plamistemu w katolickich misjach belgijskich w Chinach. Uratowano dzięki nim nie tylko wielu misjonarzy, ale także tysiące Chińczyków. Otrzymał za to najwyższe odznaczenie papieskie - order św. Grzegorza, odznaczenia belgijskie, członkostwo wielu instytucji naukowych, jego kandydaturę wystawiano wielokrotnie do Nagrody Nobla. Do lwowskiego Instytutu prof. Weigla przyjeżdżali naukowcy z całego niemal świata by poznawać tajniki wiedzy biologicznej i uczyć się metod badawczych. W 1930 r. został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
W 1939 r. profesor Weigl wyjechał do Abisynii, gdzie pomagał w opanowaniu epidemii duru plamistego. Wobec zagrożenia wojennego zdecydował się na przerwanie prac i powrót do kraju. Wiedział bowiem, że tam, gdzie wojna, tam również pojawia się tyfus. Problem zwalczania tyfusu plamistego miał ogromne znaczenie dla obu okupantów ziem polskich, dlatego dążyli oni do przekształcenia laboratorium badawczego w zakład produkcyjny. W okresie pierwszej okupacji sowieckiej Lwowa (22 września 1939-29 czerwca 1941 r.) produkcja szczepionki przeciwtyfusowej została znacznie rozbudowana.
Po wkroczeniu Niemców do Lwowa 30 czerwca 1941 r., po zamordowaniu przez nich w nocy z 3 na 4 lipca grupy 25 polskich profesorów i kilkunastu członków ich rodzin na Wzgórzach Wuleckich sytuacja, w jakiej znalazło się lwowskie środowisko naukowe, stała się bardzo trudna. Skłoniło to Weigla do podjęcia się trudnego dzieła dalszego prowadzenia (jako kierownik naukowy) Instytutu Badań nad Tyfusem Plamistym i Wirusami na potrzeby armii niemieckiej. Widział w tym możliwość pomocy dla licznej rzeszy pozbawionych pracy profesorów i asystentów. Wymógł na Niemcach prawo do całkowitej decyzji w doborze personelu, biorąc za niego pełną odpowiedzialność. Instytut zaczął wzrastać w postępie geometrycznym.
Na zdjęciu: laboranci podczas karmienia zakażonych wszy w pracowni badań nad durem plamistym prof. Rudolfa Weigla na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie w 1930 r.