Wprawił w osłupienie purpuratów
Ku zaskoczeniu i przerażeniu swoich współpracowników, zwołał sobór na mniej niż 90 lat od kontrowersyjnego Soboru Watykańskiego I. Sobór Watykański II - najważniejsze wydarzenie XX wieku w Kościele katolickim i w całym świecie chrześcijańskim - zmienił oblicze Kościoła katolickiego poprzez otwarcie go na świat, dialog z innymi wyznaniami.
Zdecydował także, że nie będzie trwał 25 lat, tak jak ten w Trydencie: chce, by odbywał się nie na przestrzeni kilku lat, a kilku miesięcy.
Gdy ogłosił zwołane soboru, kardynałowie zamarli. "Ta cisza jest onieśmielająca" - podsumował papież. "Otwarta zostaje w Kościele dyskusja, jakiej nigdy wcześniej, w całej jego historii nie było" - piszą Domenico Agasso Sr. i Jr. (...) Wielu chrześcijan, uznanych wcześniej za buntowników, dostaje znów błogosławieństwo starego papieża".
Dzięki działaniom podjętym przez Jana XXIII zapoczątkowano reformę liturgiczną, msze zaczęły być odprawiane w językach narodowych, a księża nie stoją już plecami do wiernych.