"Lustracja powinna przebiegać bez agresji"
Wybór nowego papieża Józef Glemp przyjął z radością. "Na konklawe jechałem z jasną świadomością, że kardynał Ratzinger zostanie wybrany" - wyznał potem w wywiadzie dla KAI. Prymas określił nowego papieża jako "osobowość urzekającą, nieprzeciętną, konsekwentnie dążącą do prawdy".
Wkrótce po śmierci Jana Pawła II wybuchła w Polsce dyskusja nad lustracją, także w Kościele. Prymas Polski przyznawał wówczas otwarcie, że według jego szacunków około 10 procent duchowieństwa, z różnych przyczyn, było w jakiś sposób uwikłanych we współpracę z SB. "Znam księży, którzy zmuszeni byli do współpracy z SB, ale wiem, że czynili to jedynie po to, by ocalić życie. Byli też tacy, którzy naiwnie uwierzyli, że nowy ustrój zapewni lepszą przyszłość. Nie widzę nic złego w rozliczeniu winnych" - mówił.
"Lustracja nie powinna być przeprowadzona w takim duchu, jak chciał to uczynić w Krakowie ks. Isakowicz-Zaleski. Prowadzeniem prac badawczych powinni się zajmować historycy, naukowcy, a nie poszczególni księża" - przekonywał kardynał Glemp. W opinii kard. Glempa to proces bardzo skomplikowany ze względu na to, że nie mamy pewności co do rzetelności akt.
"Osobiście jestem przekonany, że najpierw trzeba dobrze rozszyfrować sam system komunistyczny, metody łamania ludzi itd. Trzeba też pokazać tych, którzy wytrwali w bohaterstwie, ale pokazać również, że na bohaterstwo mogli się zdobyć tylko niektórzy, gdyż to wymaga szczególnego męstwa. Nie od wszystkich można żądać bohaterstwa. To także dotyczy komunistów. Dlatego wezwanie do lustracji, generalnie biorąc, jest bardzo na czasie i bardzo pożyteczne, ale ważne jest, byśmy umieli się odnosić do niej bez agresji, by kulturalnie dochodzić swoich krzywd czy swoich praw, w prawdzie, ale i w pokoju, i w duchu przebaczenia" - mówił.