Pobyt w więzieniu uratował mu życie
18 grudnia 1933 r. został po raz kolejny aresztowany i skazany na siedem lat więzienia. Karę odbywał w Warszawie, Mysłowicach i w latach 1936-1938 w Rawiczu. W 1936 r. działające w Moskwie zagraniczne kierownictwo KPP zaocznie wykluczyło go z partii "za niegodne komunisty zachowanie się podczas śledztwa i rozprawy sądowej". Jeżeli wierzyć dokumentom przechowywanym dzisiaj w archiwum w Moskwie, Bierut w 1936 r. o wyrzuceniu z partii nic nie wiedział. 7 września 1940 r. Wydział Kadr postanowił zmienić decyzję komisji KC KPP z 1936 r. o wykluczeniu Bieruta z partii i uznać ją za bezpodstawną.
Pobyt w więzieniu - jak wielu innym polskim komunistom - uratował mu życie, gdy w 1938 r. Józef Stalin rozwiązał KPP. Bierut wyszedł na wolność przedterminowo 20 grudnia 1938 r. Pracował w spółdzielniach w Warszawie i mieszkał z żoną i dwójką dzieci. Tam zastał go wybuch II wojny światowej. Skierował się do Lublina, następnie wraz z grupą komunistów schronił się na terenach zajętych przez Sowietów. W grudniu 1939 r., nielegalnie, bez dokumentów, bez zezwolenia, bez pieniędzy pojechał do Moskwy na poszukiwania Fornalskiej i ich córki, które zakończyły się sukcesem. Krótko po wybuchu wojny radziecko-niemieckiej w czerwcu 1941 r. Fornalska z matką i córką zostały ewakuowane w głąb Związku Radzieckiego. Bierut, któremu nie udało się wyjechać razem z nimi na wschód, wraz z oddziałami radzieckimi wycofał się z Białegostoku i dotarł do Mińska Białoruskiego. Nie jest przy tym do końca pewne, czy dotarł tam, gdy w mieście byli już Niemcy, czy też jeszcze chwilę wcześniej. Jeżeli jednak wcześniej, to nieodparcie
nasuwa się pytanie, dlaczego nie ewakuował się dalej. Nie zdążył wyjechać, zanim do Mińska wkroczyli hitlerowcy, czy może został w mieście na polecenie swoich mocodawców z NKWD?