Specjalne oświadczenie księdza Czajkowskiego
W 2006 roku "Życie Warszawy", opierając się na dokumentach SB przechowywanych w Instytucie Pamięci Narodowej i przebadanych przez tamtejszych historyków, poinformowało, że w latach 1960-1984 ksiądz Michał Czajkowski, jako tajny współpracownik "Jankowski", współpracował ze Służbą Bezpieczeństwa.
Specjalny raport na temat jego działalności opracowali również redaktorzy miesięcznika "Więź", korzystając zarówno z materiałów zgromadzonych w IPN, jak też z rozmów z samym duchownym i niektórymi osobami, na które miał donosić.
Równocześnie z publikacją wniosków z raportu ksiądz Czajkowski wydał specjalne oświadczenie, w którym przyznał się do części zarzucanych mu czynów, jednocześnie stanowczo negując wiele zawartych w jego aktach informacji.