"Odzyskałem wiarę w prawo"
Od stycznia do kwietnia 2004 zajmował stanowisko wicepremiera i ministra spraw wewnętrznych i administracji w rządzie Leszka Millera. Ponownie został wybrany na urząd marszałka sejmu 21 kwietnia 2004 po ustąpieniu Marka Borowskiego. Podał się do dymisji po niekorzystnym dla niego nieprawomocnym wyroku sądu lustracyjnego I instancji. W styczniu 2005 sejm odwołał go z tej funkcji.
W 2007 roku Sąd Najwyższy umorzył sprawę lustracyjną Józefa Oleksego. Oznacza to, że nie jest kłamcą lustracyjnym. Sąd uznał, że były premier działał "w wyniku błędu" i mógł nie wiedzieć, że fakt jego współpracy z Agenturalnym Wywiadem Operacyjnym trzeba ujawnić w oświadczeniu lustracyjnym. "Odzyskałem wiarę w prawo" - powiedział wówczas Oleksy.