Michnik nagrał Rywina
Kiedy Lew Rywin przyszedł do Michnika był znanym producentem filmowym, właścicielem Heritage Films, jednej z największych polskich firm zajmujących się produkcją filmów, byłym prezesem Canal+ Polska, a do 2003 roku szefem rady nadzorczej tej firmy. W lipcu 2002 roku, powołując się najpierw na premiera Leszka Millera, potem na "grupę trzymającą władzę", zaproponował prezesowi spółki Agora Wandzie Rapaczyńskiej, a także redaktorowi naczelnemu "Gazety Wyborczej" umieszczenie w ustawie o radiofonii i telewizji zapisu, umożliwiającego Agorze kupno kanału telewizyjnego Polsat w zamian za 17,5 mln dolarów dla SLD i prezesurę kanału dla siebie. Michnik potajemnie nagrał Rywina i z półrocznym opóźnieniem ujawnił publicznie nagranie, co spowodowało wszczęcie śledztwa oraz powołanie sejmowej komisji śledczej. Zwłokę w publikacji redakcja tłumaczyła prowadzeniem dziennikarskiego śledztwa, które miało ustalić, kto stał za Rywinem.
Afera Rywina stała się początkiem kryzysu "Gazety Wyborczej". Podczas przesłuchań przed komisją śledczą Michnik wielokrotnie daje się wyprowadzić z równowagi. W 2004 roku rezygnuje z czynnej pracy redakcyjnej, pozostając redaktorem naczelnym "Gazety Wyborczej" głównie tytularnie.