Pierwsza polska komisarz
Danuta Huebner była pierwszym polskim komisarzem w Unii Europejskiej (ds. polityki regionalnej). W 1996 r. współorganizowała nowo utworzony Urząd Komitetu Integracji Europejskiej. Po wyborach parlamentarnych w 2001 r. zastąpiła Jacka Saryusza-Wolskiego na stanowisku sekretarza KIE i szefa UKIE, mianowano ją również wiceministrem spraw zagranicznych. Po wygranym referendum akcesyjnym z czerwca 2003 r. została ministrem-członkiem Rady Ministrów. Przez półtora roku reprezentowała Polskę w Konwencie Europejskim.
W styczniu 2004 r. została rekomendowana przez Komisję Spraw Zagranicznych na polskiego komisarza w Brukseli. W maju tego samego roku objęła stanowisko komisarza, członka Komisji Europejskiej przy Pascalu Lamy, francuskim komisarzu ds. handlu. W listopadzie 2004 r. została komisarzem ds. polityki regionalnej w nowo utworzonej Komisji Europejskiej pod kierownictwem Jose Manuela Barroso. W 2009 r. została kandydatką PO w wyborach do PE jako lider listy w okręgu Warszawa. Mandat eurodeputowanej uzyskała z wynikiem 311 018 głosów. Przyjmując mandat, złożyła rezygnację z członkostwa w Komisji Europejskiej. 20 lipca 2009 r. została przewodniczącą Komisji Rozwoju Regionalnego w PE.
W 2014 r. z powodzeniem ubiegała się o reelekcję w wyborach europejskich.