Tajemnica przyjazdu do okupowanej Warszawy
Równie tajemniczo jawią się okoliczności towarzyszące jego przyjazdowi latem 1943 r. do okupowanej przez Niemców Warszawy. Wedle oficjalnej wersji życiorysu, pod koniec lipca 1943 r. miał przybyć do Mińska Jan Krasicki z podrobionymi dokumentami wystawionymi na nazwisko Bolesława Birkowskiego i "z narażeniem życia" pomóc Bierutowi w przedostaniu się do Generalnego Gubernatorstwa. Według Ryszarda Nazarewicza, w akcji tej - naturalnie za zgodą, a nawet na polecenie Moskwy - polscy komuniści mieli otrzymać wsparcie partyzanckiego oddziału wywiadowczego Wasilija Alisiejczyka.
Wygląda zresztą na to, że cała akcja sprowadzenia do Warszawy Bieruta została przygotowana w Moskwie. Było to konsekwencją bardzo poważnego kryzysu w PPR na przełomie lat 1942-1943. Chodzi oczywiście o zabójstwa dwóch kolejnych sekretarzy generalnych PPR: Marcelego Nowotki i Bolesława Mołojca. Stalin i przewodniczący Międzynarodówki Komunistycznej Georgi Dymitrow byli poważnie zaniepokojeni sytuacją w kierownictwie PPR. Od maja 1942 r. przebywała już co prawda w Warszawie zrzucona na spadochronie do Generalnego Gubernatorstwa ciesząca się ich pełnym zaufaniem Fornalska, która utrzymywała łączność radiową z Moskwą. Potrzebny był jednak ktoś nowy, dobrze tu znany i cieszący się zaufaniem także "radzieckich towarzyszy" (jak właśnie Bierut). Możliwe zresztą, że jego kandydaturę zaproponowała właśnie Fornalska, która kierowała się zapewne względami nie tylko natury osobistej.
Po przybyciu do Warszawy Bierut został członkiem KC PPR, kilkuosobowego gremium kierującego pracami partii. Najwyższą władzą w PPR był trzyosobowy Sekretariat KC, który tworzyli wówczas sekretarz generalny PPR Paweł Finder oraz Gomułka i Franciszek Jóźwiak. Z Gomułką praktycznie od pierwszej chwili rywalizował o wpływy i pozycję w partii. Finder wraz z Fornalską rankiem 14 listopada 1943 r. zostali aresztowani przez gestapo. Niemcy rozstrzelali ich oboje w ruinach getta krótko przed wybuchem Powstania Warszawskiego, w lipcu 1944 r.
Aresztowanie Małgorzaty Fornalskiej najpewniej było dla Bieruta ciężkim ciosem osobistym. Stanowiło też poważny cios dla PPR, gdyż tylko "Jasia" i Finder znali kod łączności radiowej z Moskwą. Po ich aresztowaniu kontakt ze Stalinem został na kilka miesięcy przerwany. W Moskwie sądzono, że KC PPR przestał istnieć. Tymczasem w Warszawie bez wiedzy i zgody Kremla 23 listopada sekretarzem KC PPR został Gomułka, co oczywiście było nie po myśli Bieruta. Wkrótce również Bierut odniósł osobisty sukces i stanął na czele utworzonej w nocy z 31 grudnia 1943 na 1 stycznia 1944 r. Krajowej Rady Narodowej, która przedstawiana w oficjalnej historiografii PRL jako parlament Polski podziemnej w rzeczywistości reprezentowała przede wszystkim, jeżeli nie wyłącznie, interesy komunistów.