"Prowokacja wymierzona we mnie i generała Jaruzelskiego"
W procesie dotyczącym autorów stanu wojennego sąd wymierzył mu karę dwóch lat więzienia w zawieszeniu za udział w "zorganizowanym związku przestępczym o charakterze zbrojnym", który (według IPN) przygotowywał stan wojenny. Wyrok, po apelacji, został utrzymany.
Kiszczak zeznawał także jako świadek w procesie swego byłego zastępcy w MSW, gen. Władysława Ciastonia, oskarżonego o kierowanie zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki w październiku 1984 roku.
Mówił, że zabójstwo kapelana podziemnej "Solidarności" było prowokacją wymierzoną i w niego, i w gen. Jaruzelskiego. Zabójca księdza, kpt. SB Grzegorz Piotrowski twierdził jednak, że Kiszczak mógł przerwać działania zmierzające do porwania i zamordowania ks. Jerzego Popiełuszki.