Okupacja niemiecka
Na czas okupacji niemieckiej przypada okres największego przeludnienia więzienia (przetrzymywano wtedy 2500 osób, w tym kobiety). Więźniowie byli transportowani stąd do innych placówek i do obozów koncentracyjnych. Podczas powstania Niemcy wykorzystywali więzienie na miejsce masowych egzekucji ludności Warszawy.
Po wojnie areszt na Rakowieckiej był początkowo wykorzystywany przez Rosjan do przetrzymywania jeńców niemieckich. W latach 1945-56 więzienie mokotowskie było centralnym więzieniem dla więźniów Politycznych w Polsce i podlegało Ministerstwu Bezpieczeństwa Publicznego.