Jak przegapiliśmy Omikrona. Ekspert ujawnia kulisy dziurawych poszukiwań
Nieprzypadkowo to Chińczycy jako pierwsi potwierdzili obecność wariantu Omikron w Polsce. Jak dowiaduje się WP, krajowe laboratoria w szczycie czwartej fali mają 3-tygodniowe opóźnienie w badaniach i dziś spływają wyniki próbek pobranych od pacjentów jeszcze 22 listopada. W tym czasie Omikrona nie było jeszcze w Europie.
Wariant omikron jednak jest w kraju. Tyle, że wykryli ją Chińczycy testując podróżnych z Polski 
Jeśli spojrzymy na mapę GISAID - organizacji, która zbiera dane o występowaniu nowych mutacji koronawirusa - może się wydawać, że Omikron zatrzymał się przed zachodnią i południową granicy Polski. Jakby powstrzymywało go niewidzialne pole siłowe.
Potwierdzono go w graniczącym z Polską kraju libereckim w Czechach (5 przypadków), niemieckiej Saksonii, Brandenburgii i samym Berlinie (łącznie 6 przypadków), na Słowacji w kraju preszowskim (3 przypadki).
Aż tu zaskoczenie. Omikrona wychwycili Chińczycy u nastolatki, która 9 grudnia wraz z matką przyleciała z Polski do miasta Tiencin. Wiadomo, że jedna osoba z obsługi samolotu ma pozytywny wynik testu, ale nie ma informacji, że to zakażenie tym wariantem.
- Należało zakładać, że Omikron jest już w Polsce, ale dowiemy się o tym ze sporym opóźnieniem. To ze względu na czas, jaki upływa pomiędzy pobraniem próbki wymazu do badań a uzyskaniem wyniku sekwencjonowania - mówi WP ekspert jednego z ośrodków, które prowadzą badania nad śledzeniem genotypów wirusów. Jak wyjaśnia, ten czas wynosi aktualnie około 2-3 tygodni. Na przykład publikowane teraz wyniki sekwencjonowania dotyczą próbek pobranych 22 listopada.
Oznacza to, że dotyczą okresu, kiedy Omikrona w Polsce najprawdopodobniej jeszcze nie było. Pierwsze trzy przypadki wystąpienia nowego wariantu w Europie potwierdzono w dniach 24-29 listopada (Luksemburg, Grecja i Rumunia).
U podróżnej z Polski Chińczycy wykryli sekwencję genotypu Omikrona w zaledwie trzy dni. Prawdopodobnie zastosowano tzw. test różnicujący. Ta metoda daje szybszy wynik, ale o mniejszej pewności. Nie jest stosowana w Polsce.
Omikron jak igła w stogu siana. Sprawdzamy za mało próbek
Według rozmówcy WP zbyt mała była też skala poszukiwań nowego alertowego wariantu. - W listopadzie mieliśmy 510 tys. potwierdzonych zakażeń, a ośrodki w Polsce przebadały 5244 próbek, czyli nieco ponad jedną na sto. Trudno więc trafić z badaniem właśnie w Omikrona - dodaje rozmówca.
Inne informacje na temat skali poszukiwań mutacji Omikron przekazał we wtorek rzecznik Ministerstwa Zdrowia Wojciech Andrusiewicz. - W Polsce sekwencjonuje się w granicach 3 tys. i więcej próbek tygodniowo. Jesteśmy w stanie wykonywać do 7 tys. sekwencjonowań tygodniowo - oświadczył na konferencji. Zapewnił, że badanie odbywa się systematycznie i prędzej czy później mutacja zostanie wychwycona w Polsce.
Jak sprawdziliśmy, liczba sekwencji podana przez rzecznika jest znacznie wyższa niż dane prezentowane w bazie GISAID (polskie laboratoria przesyłają tam raporty). Według tego źródła, w 4. tygodniu listopada wykonano 1,8 tys. sekwencji (a to najwyższa liczba w tym miesiącu). Ministerstwo nie wyjaśniło, z czego wynika różnica pomiędzy raportami, a deklaracjami z konferencji prasowej.
Sanepid ostrzegał po fali z Deltą
Nawet liczba 3 tysięcy zbadanych próbek tygodniowo (czyli podana przez rzecznika ministerstwa) to i tak zbyt mało, aby kontrolować przebieg zakażeń nowym wariantem. Według Inspekcji Sanitarnej sekwencjonowanie jest pomocne w nadzorowaniu epidemii, o ile badaniu poddawanych jest 10 proc. próbek. Czyli przy 160 tys. odnotowanych ostatnio zakażeń, potrzeba było 16 tys. testów w poszukiwaniu Omikrona na tydzień. Inaczej kosztowne badania zaspokajają tylko ciekawość naukowców, a nie pomagają w śledzeniu sytuacji.
Stwierdzenie "preferuje się 10 proc. próbek" pochodzi od inspektorów sanitarnych. W czerwcu podsumowali oni śledzenie wariantu Delta, który wywołał trzecią falę zakażeń koronawirusem. Już w czerwcu alarmowali: "Potrzebna jest poprawa sprawności systemu nadzoru, szybka identyfikacja nowych wariantów SARS-CoV-2, przecięcie dróg szerzenia, identyfikacja osób zakażonych nowym wariantem, objęcie kwarantanną osób z kontaktu". Po raporcie powstała sieć laboratoriów inspekcji, w których śledzi się występowania nowych mutacji.
Po wykryciu Omikrona u polskiej podróżnej w Chinach sanepid rozpoczął już dochodzenie epidemiologiczne. - Ustalane są kontakty osoby zakażonej, które miały miejsce przed wylotem celem wytypowania osób, które zostaną objęte nadzorem epidemiologicznym - przekazał WP Szymon Cienki, rzecznik prasowy Głównego Inspektoratu Sanitarnego. Nie odpowiedział na pytanie, jak liczna może to być grupa osób.
