Piotrowski jest jednym z trzech oficerów SB (obok Leszka Pękali i Waldemara Chmielewskiego), którzy 19 października 1984 r. porwali ks. Popiełuszkę i jego kierowcę Waldemara Chrostowskiego. Kierowcy udało się wyskoczyć z jadącego samochodu. Księdza oficerowie pobili i wrzucili do bagażnika, potem przywiązali mu do nóg worek z kamieniami, zakleili usta taśmą i wrzucili do Zalewu Wiślanego pod Włocławkiem.
W procesie toruńskim w 1985 r. Piotrowski i jego przełożony - wiceszef IV departamentu Adam Pietruszka (skazany za podżeganie i pomocnictwo w zbrodni) - dostali wyroki po 25 lat więzienia, Pękala - 15 lat, a Chmielewski - 14. Skazanych dwukrotnie objęto amnestią. Piotrowskiemu złagodzono karę do 15 lat. Obecnie wyrok odsiaduje tylko on.
Pozostali skazani są już na wolności: Pękala opuścił więzienie w 1990 r. w ramach warunkowego przedterminowego zwolnienia, a Chmielewski w 1993. Obaj zmienili wygląd i nazwiska. Pietruszka jest na wolności od września 1994 r. (warunkowo zwolniony na podstawie pozytywnej opinii Zakładu Karnego we Włocławku).
Po odbyciu połowy kary Piotrowski złożył łącznie kilkanaście wniosków o przedterminowe warunkowe zwolnienie. Zwolniony przedterminowo przez Sąd Wojewódzki w Lublinie w październiku 1994 r., wrócił do więzienia w lutym 1995 wskutek rewizji nadzwyczajnej wniesionej przez ówczesnego ministra sprawiedliwości Włodzimierza Cimoszewicza.
W październiku 1998 i w lutym 1999 r. sąd uwzględnił kolejny wniosek skazanego i zdecydował o warunkowym zwolnieniu go z zakładu karnego. Zażalenie na tę decyzję złożyła prokuratura, a Sąd Apelacyjny w Łodzi uwzględnił jej stanowisko.
Za każdym razem sąd wyrażał wątpliwość, czy były kapitan po opuszczeniu zakładu karnego ponownie nie popełni przestępstwa. Przypominał deklarację Piotrowskiego złożoną w procesie toruńskim, że zabójstwa dopuścił się z powodów ideologicznych.
W czasie odbywania kary były funkcjonariusz SB wielokrotnie korzystał z przepustek i przerw, a przez pewien czas przebywał w zakładzie karnym typu otwartego w Goleszach (woj. łódzkie).
W 1999 r., po niekorzystnym dla Piotrowskiego orzeczeniu łódzkiego Sądu Apelacyjnego, ówczesna adwokat mordercy mec. Ilona Nowakowska - Góra złożyła w imieniu swego klienta skargę na decyzję sądu w Europejskim Trybunale Praw Człowieka w Strasburgu. Nie wiadomo, kiedy sprawa zostanie rozpatrzona. (mk)