Maj 1997 roku - spotkanie z papieżem Janem Pawłem II w Watykanie
W 1983 roku, w czasie wizyty u papieża Jana Pawła II w Watykanie, Matka Teresa doznała ataku serca. Po drugim ataku w roku 1989 wszczepiono jej rozrusznik. Jej zdrowie podupadło jeszcze bardziej, gdy w kwietniu 1996 roku upadła i złamała obojczyk. W sierpniu tego samego roku zachorowała na malarię, powróciły też problemy z sercem, które zakończyły się kolejną operacją. Było jednak widać, że zdrowie misjonarki wciąż się pogarsza.
13 marca 1997 roku Matka Teresa ustąpiła ze stanowiska przewodniczącej zgromadzenia Misjonarek Miłości. Zmarła 5 września 1997 roku, w wieku 87 lat. W podziękowaniu za zasługi na rzecz ubogich wszystkich religii w Indiach została uhonorowana przez rząd indyjski pogrzebem państwowym.
19 października 2003 roku Matka Teresa z Kalkuty została beatyfikowana.