Uczestnik akcji pod Arsenałem, podczas której odbito z rąk niemieckich Jana Bytnara "Rudego"
Po wybuchu II wojny i opanowaniu kraju przez wojska hitlerowskie Rodowicz włączył się w antyniemiecką konspirację i wstąpił do Szarych Szeregów, gdzie uczestniczył w akcjach sabotażowych. Na początku 1940 r. w ramach Związku Walki Zbrojnej powstała Organizacja Małego Sabotażu "Wawer". Organizację wymyślił i kierował nią harcmistrz Aleksander Kamiński, późniejszy autor "Kamieni na szaniec". - Janek potrafił połączyć wojskową dyscyplinę z młodzieńczą fantazją i chęcią przeżycia przygody - opowiadała Anna Jakubowska "Paulinka".
Janek uczył się też na tajnych kompletach. Na zajęciach w mieszkaniu państwa Saskich, na rogu Filtrowej i alei Niepodległości, przerabiano kurs liceum. W 1941 r. zdał tam egzamin maturalny. Po maturze uczęszczał na kurs budowy maszyn i elektrotechniki, następnie kształcił się w Państwowej Szkole Elektrotechnicznej. Zatrudnił się w warsztacie elektrotechnicznym, a później w Zakładach Radiowych Philipsa.
W 1942 r. wziął udział w Zastępczym Kursie Szkoły Podchorążych Rezerwy Piechoty Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej "Agricola". Był także adeptem kursów wyszkolenia bojowego i wielkiej dywersji. W listopadzie 1942 r. mianowano go zastępcą dowódcy 2. drużyny Feliksa Pendelskiego w Hufcu Centrum Grup Szturmowych Szarych Szeregów.
Harcerze malowali patriotyczne hasła na murach. Zrywali niemieckie flagi. Gazowali kina, smarowali kinowe fotele marmoladą, klejem albo odchodami. Słynny wyczyn to usunięcie niemieckiego napisu z warszawskiego pomnika Mikołaja Kopernika. Za to dokonanie Alek Dawidowski otrzymał honorowy pseudonim "Kopernicki". Tadeusza Zawadzkiego "Zośkę" za namalowanie rekordowej liczby znaków "Polski Walczącej" ochrzczono "Kotwickim". Henryk Kończykowski "Halicz" zapamiętał, że "Anoda" również "ślicznie" rysował znak kotwicy, zrywał też niemieckie flagi. Janek Bytnar "Rudy" usunął niemiecką flagę z budynku Zachęty. Harcerze zerwali też wielkie, piętnastometrowe hitlerowskie flagi wiszące na hotelu Bristol i Pałacu Staszica. Zrobili z nich wycieraczki.
W Philipsie zajmował się też konspiracyjną budową radioodbiorników. W 1943 r. zbudowali około stu odbiorników wojskowych. Tajna komórka akowska, która się tym zajmowała, nosiła kryptonim "Radio". Uczestniczył w wielu akcjach bojowych m.in. pod Arsenałem, podczas której odbito z rąk niemieckich Jana Bytnara "Rudego" oraz akcji "Celestynów", mającej na celu odbicie więźniów przewożonych do obozu koncentracyjnego Auschwitz.