W nowym regulaminie nie ma już zapisu, że to sekretarz KRRiT koordynuje jej bieżące sprawy. Jeśli projekt zostanie przyjęty, likwidacji ulegnie funkcja sekretarza Krajowej Rady. Role tę przejmie gabinet przewodniczącej rady. Czarzasty (który jest sekretarzem KRRiT od 23 marca 2000 r.) przyznał, że sam taką zmianę zaproponował.
Zmiany w sposobie funkcjonowania Rady zaproponowali także audytorzy z firmy Ernst&Young, którzy badali działalność rady przez ostatnie pół roku. Według szefowej KRRiT Danuty Waniek, po otrzymaniu wyników audytu rada przystąpiła do zmian w swojej strukturze i zmian regulaminu. Jeśli rada pozytywnie zaopiniuje zmiany (m.in. zaproponowane przez Czarzastego), w regulaminie znajdzie się zapis likwidujący funkcję sekretarza i powierzający sprawy organizacyjne rady w większym stopniu gabinetowi przewodniczącej.
W projekcie nowego regulaminu rozszerzony został punkt opisujący mechanizm głosowania nad uchwałami KRRiT. Zgodnie z nim, uchwałę uważa się za podjętą, jeśli przy obecności połowy jej członków zagłosuje na nią co najmniej pięć osób. Członkowie KRRiT obecni na posiedzeniu obowiązani są głosować i mogą oddać głos "za", "przeciwko" lub "wstrzymać się". Przy czym głosów wstrzymujących nie dolicza się do żadnej z grup "za" czy "przeciw". Głosując "przeciw" - zgodnie z projektem - członek Rady musi uzasadnić swoje stanowisko do protokołu.
Sposób podejmowanie decyzji przez KRRiT zakwestionował Naczelny Sąd Administracyjny, rozpatrując skargę Fundacji "Rozwój Kultury Ziemi Gdowskiej" w sprawie krakowskiej częstotliwości 97,7 Mhz i Radia Blue FM.
Sąd unieważnił uchwały Rady w tej sprawie, argumentując to błędnym sposobem głosowania. W uzasadnieniu ustnym NSA uznał, że członek KRRiT głosując w sprawie koncesyjnej nie może się wstrzymać od głosu. Potem, przesyłając radzie pisemne uzasadnienie wyroku, nie odniósł się już do tego argumentu. Wskazał inny - że przy głosowaniu musi być zachowana bezwzględna większość głosów.
