Podczas remontu odkryto malowidła ścienne
Reformacja skłoniła franciszkanów do opuszczenia miasta, w budynkach poklasztornych zorganizowano wtedy przytułek dla ubogich i szpital. W czasie wojny szwedzko-brandenburskiej w 1677 r. kościół doznał uszkodzeń. W czasie pobytu Szwedów w Szczecinie świątynia pełniła rolę kościoła garnizonowego. Podczas wojen napoleońskich kościół zamieniono na magazyn żywności - usunięto całe wyposażenie a polichromie zniszczono.