Józef Glemp, choć określa księdza profesora Michała Czajkowskiego jako rzetelnego i kochającego bliźnich. Twierdzi, że od dawna niepokoiła go postawa kapłana. Kardynał powiedział, że ksiądz Czajkowski zawsze był z uporem radykalny: czegoś się domagał, a hierarchii jakby trochę nie lubił.
Prymas przyznał jednocześnie, że nie można księdzu profesorowi Czajkowskiemu zarzucić odejścia od zasadniczej linii Kościoła. Zaskakuje mnie to, co słyszę z prasy. Myślę, że to jest jakimś potwierdzeniem jego postaw - powiedział kardynał Glemp. Wskazał też, że ksiądz Czajkowski jest człowiekiem wrażliwym na drugiego człowieka i może ta właśnie wrażliwość pchnęła go tak dalece, że wierzył, iż będzie robił coś dobrego. Tylko tak mogę to wytłumaczyć - dodał. Podkreślił też, że nie sądzi, aby u księdza Czajkowskiego obecne było poczucie zdrady.
O rzekomej współpracy księdza profesora Michała Czajkowskiego z SB napisało środowe "Życie Warszawy", powołując się na wyniki badań doktora Tadeusza Witkowskiego. Naukowiec mieszka na emigracji, w Ameryce. Wyniki jego badań potwierdził pracownik Instytutu Pamięci Narodowej - Jan Żaryn. Ksiądz profesor Michał Czajkowski dotąd nie odniósł się do tej sprawy. Jak dowiedziała się Informacyjna Agencja Radiowa - udał się na kilkudniowe rekolekcje do jednego z klasztorów.
