Skazani w procesie toruńskim: od lewej - Grzegorz Piotrowski, Adam Pietruszka, Leszek Pękala i Waldemar Chmielewski
W 1985 r. przed sądem w Toruniu stanęli oskarżeni o dokonanie tej potwornej zbrodni. W efekcie, w tzw. procesie toruńskim skazano trzech oficerów MSW oraz zastępcę dyrektora Departamentu IV MSW.
Naczelnik wydziału Departamentu IV kpt. Grzegorz Piotrowski został skazany na 25 lat więzienia za uprowadzenie, torturowanie i zabójstwo księdza. Również na 25 lat za sprawstwo kierownicze zbrodni skazano dyrektora Departamentu IV MSW płk. Adama Pietruszkę. 15 lat więzienia za udział w uprowadzeniu, torturach i zabójstwie ks. Popiełuszki dostał por. Leszek Pękala. Z kolei por. Waldemara Chmielewskiego za to samo skazano na 14 lat pozbawienia wolności.
W 1986 i 1987 r. w wyniku interwencji gen. Kiszczaka, sprawcom złagodzono kary. Piotrowski miał odsiedzieć 15 lat, a nie 25, Pietruszka zamiast 25 lat dostał 10, Pękali kara zmniejszyła się z 15 do 6 lat, zaś Chmielewskiemu ograniczenie wolności obniżono z lat 14 do 4,5 roku.