PWN - założone 28 kwietnia 1951 roku - miało być jedyną oficyną wydawniczą zaopatrującą uczelnie w całym kraju w skrypty i podręczniki ze wszystkich dziedzin nauki. Przy zachowaniu monopolu i centralizacji dystrybucji książek ułatwiało to pracę cenzurze.
Pierwszy dyrektor PWN, Tadeusz Zabłudowski oraz jego następca Adam Bromberg wywodzili się z komunistycznego establishmentu. Obdarzeni pełnym zaufaniem władz mogli działać bardziej samodzielnie niż inni edytorzy. Zgromadzili wokół Wydawnictwa najwybitniejszych przedstawicieli polskiej nauki, nawiązali międzynarodowe kontakty umożliwiające korzystanie z osiągnięć nauki światowej.
Już w latach 50. PWN rozpoczęło wydawanie encyklopedii i leksykonów oraz największego słownika języka polskiego w 11 tomach pod redakcją profesora Witolda Doroszewskiego. Z czasem rozpoczęto wydawanie słowników języków obcych.
W 1951 roku zrodził się pomysł najsłynniejszej polskiej serii naukowej - Biblioteki Klasyków Filozofii, udostępniającej polskiemu czytelnikowi dorobek światowej myśli filozoficznej. W tej serii wydano dotąd ponad 180 tomów.
Odwołanie Adama Bromberga i narastające wokół PWN napięcie polityczne poprzedziło aferę encyklopedystów i czystki w Wydawnictwie w 1968 roku. Zwolniono wtedy kilkudziesięciu pracowników, a dla PWN nastały czasy wzmożonej działalności cenzury.
W stanie wojennym wielu pracowników Wydawnictwa uczestniczyło w podziemnym życiu wydawniczym. Po roku 1989 rozpoczęto restrukturyzację PWN, zmniejszono zatrudnienie i rozszerzono kontakty międzynarodowe. W 1992 roku Wydawnictwo zostało sprywatyzowane.
Większość udziałów posiada międzynarodowa grupa inwestorów - Luxembourg Cambridge Holding Group. Część akcji kupili pracownicy PWN. Po kolejnych przekształceniach, w listopadzie 1997 roku, firma uzyskała status spółki akcyjnej i przyjęła swą obecną nazwę: Wydawnictwo Naukowe PWN SA. Od 1998 roku pojawili się nowi mniejszościowi udziałowcy Wydawnictwa: Europejski Bank Odbudowy i Rozwoju oraz DBG Osteuropa-Holding. (and)