Zappio szczególną sympatią darzył kościół św. Jana – w jego dziejach zapisał się jako troskliwy i bardzo szczodry opiekun. Wiele lat pełnił obowiązki członka rady kościelnej, przewodniczył tej radzie i był odpowiedzialny za sprawy finansowe oraz budowlane. Własnym sumptem wyposażał i przyozdabiał kościół, fundując obrazy, zegar, żyrandol, lichtarze, chrzcielnicę, a także łożąc znaczne sumy na odnowienie ołtarza, ambony i organów. Troskę o kościół św. Jana pragnął Zappio kontynuować również po swojej śmierci. W tym celu sporządził 13 II 1680 r. testament, w którym przekazywał kościołowi sumę 33 146 florenów. W szczegółowych dyspozycjach, już w punkcie pierwszym, zapisał Zappio, że odsetki od jego kapitału w wysokości 300 florenów rocznie należy przeznaczać na potrzeby biblioteki przy kościele św. Jana.
Jako datę oficjalnego założenia Biblioteki Zappio-Johannitana należy przyjąć 25 IV 1689 r., kiedy to został sporządzony akt fundacyjny. Jako pierwszą pozycję wpisano tam 35-tomowe dzieło Conciliorum omnium collectio Gallicana. Biblioteka była otwarta raz w tygodniu, w czwartek, a książki udostępniano duchownym oraz uczonym miejscowym w zasadzie jedynie prezencyjnie. Pod względem ilościowym był to księgozbiór skromny, ustępujący wyraźnie Bibliotece Rady Miejskiej. Jednakże wszyscy, którzy się z tą książnicą bezpośrednio zetknęli, stwierdzali zgodnie, że była ona urocza i posiadała dzieła bardzo wartościowe oraz rzadkie, które mogły być chlubą największych nawet bibliotek. Wymowna jest zwłaszcza liczba 60 inkunabułów.
Biblioteka Zappio-Johannitana była w dawnym Gdańsku osobliwością przyciągającą uwagę uczonych, artystów, podróżników.
Biblioteka Zappio-Johannitana okres drugiej wojny światowej przetrwała w Gdańsku. Tylko małą część zbiorów, tych najstarszych i najcenniejszych, ewakuowano z miasta, gdy zbliżał się front wiosną 1945 r. Los tych książek okazał się tragiczny. Transport miał udać się do Kościerzyny, jednak działania wojenne sprawiły, że skrzynie dotarły zaledwie do wsi Świncz koło Pruszcza Gdańskiego. Odnalazł je Kazimierz Kopecki, poszukujący księgozbioru Politechniki Gdańskiej. Stan książek był fatalny. Przemoczone i zapleśniałe w większości nie nadawały się już do konserwacji. Przewieziono je z początkiem 1946 r. do Biblioteki Gdańskiej. Z tego najstarszego i najcenniejszego zespołu do zbiorów Biblioteki Gdańskiej włączono dotychczas 5 inkunabułów (w tym jeden fragment). Kilka innych inkunabułów wstępnie zabezpieczono przed dalszym procesem niszczenia i zostaną one w przyszłości też włączone do zbiorów Biblioteki Gdańskiej.
Książki, które pozostały w Gdańsku, zabezpieczono przed skutkami działań wojennych w sposób najprostszy. Zdjęto je z regałów, ułożono w sterty, drzwi wejściowe zamurowano, a wysokie okno do połowy zasypano cementem. Podczas działań wojennych w marcu 1945 r. kościół św. Jana został poważnie uszkodzony. Pomieszczenie biblioteczne szczęśliwie ocalało. Dotarł tam w połowie czerwca 1945 r. Marian Pelczar, który przybył do Gdańska z zadaniem zabezpieczania zbiorów bibliotecznych i archiwalnych. Przed kościołem spotkał proboszcza tej świątyni, Otto Eichela, z którym ustnie ustalił, że ocalałe zbiory przejmie Biblioteka Miejska w formie bezterminowego depozytu.
