Śledztwo w sprawie Marka Papały przedłużono do grudnia 2004 r.

Jak powiedział Zbigniew Jaskólski, rzecznik Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie prowadzącej śledztwo w sprawie zabójstwa Papały, przyczyną kolejnego przedłużenia "jest konieczność wykonywania dalszych czynności procesowych".

Nadinsp. Marek Papała został zastrzelony 25 czerwca 1998 roku ok. godziny 22 w swoim samochodzie, na parkingu przed jego mieszkaniem w Warszawie. Znalazła go żona. Bandyta, który go zabił, oddał jeden strzał, po czym uciekł.

Papała nie był już wtedy komendantem głównym policji. Kilka miesięcy wcześniej podał się do dymisji. Będąc szefem policji zajął się m.in. jej reformą. Miała ona zmierzać do umocnienia komend rejonowych i komisariatów kosztem etatów komend wojewódzkich i komendy głównej. Za jego czasów rozpoczęto także realizację programu "Bezpieczne miasto".

Do wyjaśnienia sprawy jego zabójstwa powołano specjalną grupę policjantów i prokuratorów. Sprawdzone zostały wszystkie połączenia telefoniczne z bloku Papały i najbliższych okolic wykonane w nocy, kiedy zastrzelono byłego komendanta. Szczegółowo zbadano kontakty prywatne i zawodowe Papały. Policjanci sprawdzili także notatniki, telefony i kontakty jego sekretarek i kierowców.

Akta sprawy liczą ok. 60 tomów, przesłuchano kilkuset świadków, przeprowadzono kilkadziesiąt ekspertyz, w tym badania biologiczne, traseologiczne (odciski butów) i daktyloskopijne. Centralne Laboratorium Kryminalistyki przebadało m.in. wszystkie przypadki użycia broni kalibru 7,62 mm, jakie miały miejsce w Polsce.

Prasa spekulowała na temat motywów zabójstwa b. szefa policji. Media donosiły m.in., że Papałę miał zabić Ryszard Niemczyk, gangster z grupy pruszkowskiej, podejrzany o zabójstwo "Pershinga". Niemczyk był już zatrzymany i aresztowany, ale uciekł z zakładu karnego w Wadowicach.

Jako jednego z możliwych zabójców prasa wskazywała też byłego sowieckiego komandosa Siergieja S., który przebywa w areszcie w związku z innymi zabójstwami.

Media podawały także, że jeden z członków gdańskiego gangu płatnych zabójców wskazał Edwarda M. - polskiego biznesmena legitymującego się także amerykańskim paszportem - jako zleceniodawcę zabójstwa Papały. M. został zatrzymany i doprowadzony do prokuratury, gdzie po przesłuchaniu zwolniono go. Wyjechał z Polski. W prasie pojawiły się spekulacje, że wypuszczono go, bo zażądało tego Ministerstwo Sprawiedliwości.

Bezpośrednio po zabójstwie Papały w działaniach policji i prokuratury bardzo poważnie brany był pod uwagę wątek, że osoba, która strzelała do byłego szefa policji, już nie żyje, bo została zlikwidowana w celu zatarcia śladów.

Odrzucono natomiast hipotezę, że Papałę mógł zabić człowiek chory psychicznie, który osobiście czuł urazę do komendanta.

Za pomoc w ujęciu sprawcy wyznaczono łącznie ponad 200 tys. zł nagrody. Przez pierwsze kilka dni po morderstwie na policyjny telefon zaufania dzwoniło dziennie ok. 500 osób. Jak ocenił jeden z policjantów odbierających te telefony, tylko 30 proc. informacji miało faktyczną wartość dla prowadzonego śledztwa.

Początkowo śledztwo prowadziła warszawska prokuratura okręgowa, w grudniu 2002 r. przejęła je prokuratura apelacyjna.

W lutym 2003 r. prokuratura ta przedstawiła zarzut współudziału i nakłaniania "innej osoby" do zabójstwa Papały Ryszardowi B. z gangu pruszkowskiego. B. od kilku lat jest w areszcie za przynależność do "Pruszkowa", jest też podejrzany o zabójstwo bossa gangu pruszkowskiego Andrzeja Kolikowskiego, "Pershinga".

Oprócz B. o zabicie "Pershinga" podejrzany jest również Ryszard Niemczyk. Policyjne źródła nie wykluczają, że właśnie Niemczyk jest ową "inną osobą", z którą B. miał zastrzelić Papałę.

Ryszard B. został zatrzymany na początku 2001 r. w Meksyku, gdzie ukrywał się przed polskim wymiarem sprawiedliwości.