Królak uznał za bardzo potrzebną zapowiedź powołania zespołu specjalistów, którzy będą oceniać akta bezpieki dotyczące duchownych. Podkreślił, że chociaż trudno podważać wiarygodność dokumentów historycznych, nie wolno ich czytać na własny użytek jako piątej ewangelii.
Tomasz Królak uważa, że bardzo dobrym rozwiązaniem jest też to, że wszystkie ustalenia Komisji Historycznych dotyczące biskupów mają trafiać do Watykanu. Wyjaśnia, że w przypadku wątpliwości nikt w Polsce nie jest w stanie ocenić jak postępować z biskupem. Od tego jest Kongregacja do spraw biskupów. Według Królaka komisja historyczna może podjąć działania dotyczące zwykłych duchownych, lecz nie może wchodzić w kompetencje watykańskie.
Zdaniem wiceprezesa Katolickiej Agencji Informacyjnej Episkopat zrozumiał, że lustracja w Kościele jest procesem nieodwołalnym.