Spory dotyczą przede wszystkim sposobu podejmowania decyzji, ale nie tylko. Uczestnicy Konwentu spierają się także o to, czy Unia powinna mieć prezydenta, a jeśli tak, to jakie będą jego kompetencje.
Najgłębszy podział dotyczy jednak sposobu podejmowania decyzji w unijnej Radzie Ministrów, która ma głos decydujący, jeśli chodzi o funkcjonowanie Unii i kształtowanie jej polityki w najróżniejszych dziedzinach.
Przedstawiciele rządowi w Konwencie - i to aż z 18 państw - sprzeciwiają się zmianom proponowanym przez Prezydium Konwentu, które polegają na tym, iż w poszerzonej Unii więcej do powiedzenia miałyby państwa duże, takie jak np. Francja czy Niemcy. Z racji liczby ludności dysponowałyby bowiem odpowiednio większą liczą głosów w Radzie Ministrów.
Wśród przeciwników takiego rozwiązania jest Polska, która uważa, że powinien zostać utrzymany system zapisany w Traktacie z Nicei, znacznie bardziej korzystny dla mniejszych i średnich państw. Hiszpania, która też należy do grona przeciwników, twierdzi, że nie ma mowy o naruszeniu Trakatu z Nicei.
Przewodniczacy Konwentu Valery Giscard d'Estaign uważa natomiast, że zmiana sposobu podejmowania decyzji jest konieczna, bo inaczej po poszerzeniu Unia nie będzie w stanie sprawnie funkcjonować.
