Muzeum stworzył profesor anatomii i pierwszy dyrektor założonej w 1766 roku Królewskiej Szkoły Weterynaryjnej. Honore Fragonard zbierał eksponaty mające umożliwić lepsze poznanie anatomii konia, w owym czasie głównego środka transportu wojskowego.
Dyrektor placówki kolekcjonował wyłącznie naturalne obiekty, odrzucając te wykonane ze sztucznych materiałów. Poza szkieletami zwierząt, w tym słonia i żyrafy, w zbiorach znajdują się także eksponaty zakonserwowane tak, by można było studiować ścięgna galopującego konia.
Wrażenie robi dział anatomopatologii - cielę o dwóch głowach, owca z pięcioma nogami, jednookie zwierzęta czy 11-kilogramowy kamień wydobyty z końskiego żołądka. Najsłynniejszym spośród ponad czterech tysięcy eksponatów jest „Jeździec Apokalipsy"- żołnierz na cwałującym koniu, uwieczniony na jednym z obrazów Duerera.
