W Dziale Zbiorów Specjalnych Muzeum zgromadzono m.in. rękopisy, druki, zbiory ikonograficzne i pamiątki chopinowskie - w sumie jest to 3855 pozycji zapisanych w zbiorach inwentarzowych. Wśród rękopisów najcenniejsze są autografy Chopina - w tym jego szkice i dzieła kompletne oraz listy; wśród eksponatów ikonograficznych - portrety kompozytora wykonane za jego życia. Muzeum posiada także fototekę.
Wśród najnowszych eksponatów, które trafiły do muzeum, jest 21 rycin XIX-wiecznych, przekazanych warszawskiej placówce w darze przez Huberta Proute z Paryża. Są to portrety osób, które Chopin znał, z którymi spotykał się lub o których pisał w listach: kompozytorów, pianistów, skrzypków, śpiewaków, teoretyków muzyki i wydawców, aktorów, malarzy - Eugene'a Delacroix, i pisarzy - Victora Hugo, Alfreda de Musseta. Wśród rycin są także widoki Krakowa i Paryża.
Do zbiorów Muzeum ma trafić także w najbliższym czasie portret Chopina z 1923 roku wykonany w technice akwaforty przez Ivana Thiela - artystę urodzonego w Petersburgu w 1877 roku, zmarłego w Paryżu w roku 1948. Dzieło trafiło do galerii w Nowym Jorku. Jego zakup i transport do Warszawy sfinansował Polski Leasing Przemysłowy w Warszawie. Właścicielce galerii, Frances Agpar Marcinkowskiej, zależało, by portret trafił do warszawskiego muzeum. W wyniku negocjacji znacznie obniżyła jego cenę.
Dwa oddziały Muzeum stanowią Dom Urodzenia Fryderyka Chopina w Żelazowej Woli oraz Salonik Chopinów w Pałacu Czapskich przy Krakowskim Przedmieściu w Warszawie. (aka)
