Haski trybunał uznał, że nie ma wystarczających dowodów na uznanie go winnego ludobójstwa bośniackich Muzułmanów w czasie wojny w latach 1992-1995.
Krajisznika uznano za winnego zbrodni przeciwko ludzkości, eksterminacji, zabójstw, morderstw z premedytacją, prześladowań, deportacji.
Krajisznik był przewodniczącym parlamentu Serbów bośniackich od października 1991 r. do listopada 1995 r. Należał też do ścisłego kierownictwa skrajnie nacjonalistycznej Serbskiej Partii Demokratycznej (SDS) Radovana Karadżicia; był prawą ręką i wykonawcą polityki lidera Serbów bośniackich.
Zajmując wysoką pozycję "planował, podżegał, nakazywał i popełniał lub pomagał w planowaniu, przygotowaniu lub dokonaniu wyniszczenia - w całości lub częściowo - grup narodowych, etnicznych, rasowych lub religijnych bośniackich Muzułmanów lub Chorwatów" - głosił akt oskarżenia.
Wymieniono w nim ponad 800 egzekucji, w tym kobiet i dzieci, popełnionych od czerwca do grudnia 1992 roku, gdy Krajisznik reprezentował Serbów w trzyosobowym Prezydium Bośni i Hercegowiny. Wskazywano kilkanaście obozów dla Muzułmanów i Chorwatów, w tym w Foczy i w Omarskiej, gdzie znęcano się nad tysiącami ludzi.
Według oskarżenia, Krajisznik z pewnością wiedział o tych zbrodniach. Mógł też ukarać winnych albo wszcząć śledztwo wobec swych podwładnych, odpowiedzialnych za zbrodnie, ale tego nie uczynił.
Zdaniem obserwatorów, władza Krajisznika była w pewnych okresach równie wielka jak władza Karadżicia. To pod ich przewodnictwem bośniaccy Serbowie prowadzili krwawe oblężenie Sarajewa, "oczyszczali" terytoria serbskie z Muzułmanów i Chorwatów, zdobyli szturmem dwie oenzetowskie enklawy ochrony cywilnej ludności i ponoszą oni odpowiedzialność za wymordowanie około ośmiu tysięcy nieuzbrojonych mężczyzn z jednej z nich - Srebrenicy.
Krajisznika aresztowały siły stabilizacyjne (SFOR) w jego domu w Pale, stolicy Serbów bośniackich, w kwietniu 2000 roku i przewięziono do więzienia trybunału w Hadze.
Radovan Karadżić i dowódca sił zbrojnych Serbów bośniackich generał Ratko Mladić pozostają w dalszym ciągu na wolności.
