Ponowny proces rozpoczął się w grudniu 2001 roku. Stało się to możliwe, gdy 5 lipca 2001 Sąd Lustracyjny II instancji uchylił wyrok uniewinniający Tomaszewskiego od kłamstwa lustracyjnego i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia. Zwrotu sprawy domagał się Rzecznik Interesu Publicznego Bogusław Nizieński.
Sędzia sprawozdawca Zbigniew Kapiński podkreślił, że sąd I instancji niesłusznie zakwestionował wiarygodność niektórych świadków w pierwszym procesie. Nie zbadano też, która wersja, zmieniających zeznania świadków, jest prawdziwa. W ponownym procesie zeznają wszyscy (27) świadkowie z poprzedniego procesu.
Zwrot sprawy do sadu I instancji nie zamyka Tomaszewskiemu drogi do urzędów publicznych, ponieważ zakaz kandydowania dotyczy tylko osób prawomocnie uznanych za kłamcę lustracyjnego.
21 lutego 2001 Sąd Lustracyjny oczyścił Janusza Tomaszewskiego z zarzutu zatajenia współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa. Rzecznik Interesu Publicznego domagał się uznania Tomaszewskiego za kłamcę lustracyjnego. Sąd przypomniał, że skoro nie ma jednoznacznych dowodów kłamstwa w czyimś oświadczeniu, to należy przyjąć jego prawdziwość.
Proces lustracyjny Janusza Tomaszewskiego jest jednym z najdłuższych, trwa od 18 stycznia 2000 roku. Tomaszewski był najwyższym rangą członkiem rządu Jerzego Buzka oskarżonym o zatajenie kontaktów ze służbami specjalnymi PRL.
Podczas 22 rozpraw sąd przesłuchał świadków, w większości byłych oficerów SB. Jeden z nich powiedział przed sądem, że Tomaszewski był agentem, lecz później wycofał się z tych zeznań. Podczas procesu zeznawali także koledzy Tomaszewskiego, którzy w okresie stanu wojennego współpracowali z nim w pabianickiej Solidarności. Tomaszewski twierdzi, że ich zeznania były dla niego korzystne.
Posądzenia wobec byłego wicepremiera o związki ze służbami specjalnymi PRL pojawiły się w mediach już w 1998 roku, jednak sam zainteresowany im zaprzeczał.
Sąd wszczął postępowanie w sprawie prawdziwości oświadczenia Tomaszewskiego 2 września 1999 roku, co było bezpośrednią przyczyną dymisji wicepremiera. Sędziowie uznali, że materiały złożone przez RIP w sprawie wicepremiera wskazują na możliwość złożenia przez Tomaszewskiego nieprawdziwego oświadczenia lustracyjnego.
Jeszcze przed decyzją sądu o wszczęciu postępowania, Janusz Tomaszewski został odwołany ze stanowiska wicepremiera i ministra spraw wewnętrznych przez premiera Jerzego Buzka. Dymisja została wręczona dzień po wszczęciu procesu lustracyjnego. Były wicepremier zrezygnował też z funkcji Sekretarza Generalnego Ruchu Społecznego Akcji Wyborczej "Solidarność". (reb)
