Na początku lat osiemdziesiątych Jankowski był komendantem miejskim Milicji Obywatelskiej. To za czasów jego komendantury doszło do tłumienia manifestacji opozycjonistów w 1982 roku. Tę sprawę prowadził prokurator Instytutu Pamięci Narodowej Mieczysław Góra. Podkreślił on, że pacyfikacja była wyjątkowo brutalna, milicjanci stosowali ścieżki zdrowia i używali wobec demonstrantów gazu w pomieszczeniach zamkniętych.
Prokurator Jankowski zeznał, że nie wiedział o metodach, jakie wobec opozycji stosowali jego podwładni, i IPN nie postawił mu zarzutów.
Profesor Wojciech Polak, historyk z UMK podkreśla jednak, że każdy funkcyjny milicjant wiedział, co się dzieje w jego jednostce. Dodał, że istnieje też jeszcze odpowiedzialność moralna zwierzchnika za działania podwładnych.
Prokurator Franciszek Jankowski jest obecnie na zwolnieniu lekarskim, natomiast szef Prokuratury Okręgowej w Toruniu i jej rzecznik są w delegacji, dlatego na razie nie ma oficjalnego komentarza Prokuratury w tej sprawie.
