Józef Wesołowski spoczął na cmentarzu w Czorsztynie

Wesołowski pochodził ze wsi Mizerna w gminie Czorsztyn i tu chciał być pochowany. Według relacji mieszkańców wsi, rodzina byłego duchownego ofiarowała ziemię pod parafialny cmentarz i kościół.

Mszę żałobną w kościele w Czorsztynie pw. Matki Bożej Fatimskiej odprawił biskup pomocniczy krakowski Jan Szkodoń. Przed mszą biskup cytował biblijne słowa wypowiedziane przez Jezusa: "Nie sądźcie, bo sami będziecie sądzeni, bo taką miarą jaką wy mierzycie i wam odmierzą". Bp Szkodoń nawoływał do modlitwy różańcowej w czorsztyńskim kościele za zmarłego nuncjusza. Cytował także słowa św. Pawła: "Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj".

W uroczystości pogrzebowej uczestniczyło kilkaset osób, w tym wielu księży.

Były nuncjusz zmarł na serce 27 sierpnia w Watykanie, gdzie oczekiwał na wznowienie swojego procesu karnego przed tamtejszym trybunałem. Miał zakaz opuszczania terytorium Watykanu.

Zanim trumna z ciałem trafiła do Polski, przez dwa dni była wystawiona w kaplicy Gubernatoratu w Watykanie. Włoska agencja Ansa podawała, powołując się na źródła watykańskie, że Józef Wesołowski został złożony w trumnie ubrany w sutannę i z pierścieniem biskupim.

Wcześniej trybunał kanoniczny przy Kongregacji Nauki Wiary wymierzył mu karę wydalenia ze stanu kapłańskiego, a następnie odrzucił złożoną przez arcybiskupa apelację. Dopiero po jego śmierci Watykan poinformował, że decyzji o odrzuceniu odwołania nie ogłoszono, by "nie pogarszać sytuacji". Oznacza to, że decyzja pozostała nieprawomocna.

Wesołowski był pierwszym hierarchą kościelnym, który miał stanąć przed sądem Państwa Watykańskiego w sprawie pedofilii. Proces został otwarty 11 lipca i natychmiast bezterminowo odroczony, ponieważ dzień wcześniej oskarżony trafił na tydzień do szpitala. Proces miał być wznowiony na jesieni.

W oficjalnych notach biura prasowego Stolicy Apostolskiej Wesołowski figuruje jako "Jego Ekscelencja arcybiskup". Z kanonicznego punktu widzenia, mimo kary wydalenia do stanu świeckiego, pozostał on w związku z przyjętymi święceniami duchownym i biskupem. Dziennikarze, którzy pytali o to w Watykanie, otrzymali odpowiedź, że duchownym pozostaje się "wiecznie".